1分子对接教程 今天利刃君就为大家带来使用AutoDock Vina进行分子对接的教程。本次教程以STAT3靶点的晶体结构与其原配体为例进行分子对接的详细步骤说明。 准备工作 蛋白晶体结构由PDB数据库(rcsb.org/)下载,PDB编号为6NJS。首先需要通过其他软件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子,删除多余的链,并把原配体分子...
受体和配体的预处理方式与我们之前推文中有关分子对接的内容中方法相同,可通过各类软件如:PyMOL、Chimera、DS、薛定谔、MOE等,这里不再赘述。本例中使用薛定谔进行预处理,将处理好的受体保存为protein.pdb文件,准备10个配体分子,分别保存为ligand1~10.mol2文件,其中ligand1.mol2为原配体分子。 在配体分子路径中打开...
从PDB首页的搜索条里,可以通过搜索PDB ID、分子名称、作者姓名等关键词来查找蛋白质三级结构。此外,利用高级搜索工具,可以通过序列相似性搜索获得与输入序列在序列水平上相似的蛋白质的三级结构。搜索方法选 BLAST,输入序列,点击“Result Count”。这里不详细介绍,因为我们做分子对接,通常蛋白名称是已知的。我们重点介绍...
其中第二行的8.0表示盒子中心到边缘的距离为8.0 埃,可根据对接分子大小调整,然后输入如下命令: showbox <box.in 检查目录会有rec_box.pdb文件生成,用chimera打开,如下所示 5 设置生长格点 格点生长打分函数是DOCK6的一种基于立场的能量打分函数,是在对接前必须要做的一步,期计算原理为: 操作很简单,只需要输入如...
分子对接如何操作? 首先,为了便于观察蛋白,小果习惯第一步先让蛋白线性显示,具体调整方式如下:在黑色区域右键,点击display style 随后关闭蛋白的显示并让原子以线性方式显示: 再关闭红球的显示 随后我们打开处理好的小分子配体 然后就可以点开分子对接选项啦:Receptor-Ligand Interactions->Dock Ligands,可以看到这里有三种...
半柔性对接教程 本次教程以蛋白6PL1的晶体结构作为分子对接的受体,晶体结构由蛋白数据库PDB网站下载,以其原配体OOJ为分子对接的配体,进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性,对接配体小分子设为柔性)。①可以使用pymol,VMD,Schrodinger,DS等软件,将蛋白晶体结构中的配体抽离出来,保存为Lig.mol2文件用于分子对接;②可以...
所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接的思想起源于Fisher E的”钥匙和...
注意:分子对接用到的文件一定要放在一个文件夹中,就是上篇推文autodock分子对接教程-软件的安装提到的,放入包含(adt.bat,autodock4.exe, autogrid4.exe)的文件夹,不然后面对接的时候可能会报错 1、蛋白质数据获取 打开Uniprot数据库,输入蛋白名 https://www.uniprot.org/ ...
在这一部分,我们将使用AutoDock进行基本的分子对接,具体步骤包括准备蛋白和配体、设置对接参数,以及分析和可视化结果。以下是详细的解释和代码示例。 1. 准备蛋白和配体 1.1 准备蛋白质 获取PDB文件: 从RCSB PDB网站下载目标蛋白质的结构。例如,使用PDB ID: 1OED。
功能入口:左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子对接】->【小分子-小分子对接 Vina】 步骤 配置任务 上传受体和配体文件 1、两者须事先处理,可参考《准备化合物结构》教程。 2、对于环糊精这类分子,用户可从Crystallography Open Database (COD)数据库(http://nanocrystallography.org/或http://crystallogr...