5、结果可视化与分析 在分子对接研究中,对对接结果进行评估和分析通常使用以下指标:(1)亲和力得分(Binding affinity score):对接得分或亲和力得分是衡量配体与受体相互作用强度的指标。常见的得分函数包括分子力场得分(如Docking Score、Charmm/MMGBSA等)、各类物理和化学描述符得分(如Ligand Efficiency、GlideScore等)等。
4、准备好蛋白之后需要进行活性位点预测,找出大致的对接口袋位置; 5、以预测的口袋位置中心为坐标原点建立对接盒子,形状大小视项目而定; 6、对接盒子大小等参数根据对接的配体信息(例如配体大小)进行设定; 7、以上步骤确定好后,需要设定最后的对接参数以及选择对接精度; 8、检查结构文件和参数文件,视项目情况调用服务器...
但其实这一步没有必要,而且会出错,因为我们前面通过Ligand里面设置的时候,软件已经自动给我们自动处理好了。就是下图中的弹出框,比如融合了5个非极性氢。 但是,有时候,我们不手动添加电荷,按照上面的操作,有的小分子也会报错,怎么解决?官方的描述是这样的:If each ligand atom already has a ‘partial charge’ ...
5+糖酵解+机器学习+单xi胞,想快速发SCI的宝子,这思路绝对值得借鉴! 生信风暴官方频道 9 0 6+单xi胞+NMF分型,这种量大管饱的发文思路一投一个准! 生信风暴官方频道 29 0 5+单xi胞+hdWGCNA+实验,紧贴热点又思路清晰,干湿结合那叫一个丝滑! 生信风暴官方频道 42 0 7+MR+泛癌+单xi胞,多组学分析...
结合实验和分子对接,研究者发现RF-Id对5-LOX具有良好的活性,且其并非通过抑制cPLA2、竞争结合FLAP、干扰铁离子还原、螯合铁离子来实现,而可能是通过插入5-LOX的活性位点中的疏水通道(为竞争型抑制剂),并与几个关键氨基酸形成重要氢键来起到抑制作用。分子对接在本研究中形象揭示了这一作用机理,为该研究做了一个画...
分⼦对接的原理，⽅法及应⽤ （PPT⾥弄⼀些分⼦对接的照⽚，照⽚素材⽂件⾥有）分⼦对接 是将已知三维结构数据库中的分⼦逐⼀放在靶标分⼦的活性位点处。通过不断优化受体化合物的位置、构象、分⼦内部可旋转键的⼆⾯⾓和受体的氨基酸残基侧链和⾻架，寻找受体⼩分⼦化合物...
5. 结果分析与验证 - 对接计算完成后,会得到一系列的对接结果。这些结果就像是考试后的答卷,需要我们仔细分析。首先要看对接的打分情况,分数越高,说明分子对接的效果可能越好,但这不是唯一的判断标准。 - 然后要从分子间相互作用的角度进行分析,比如查看中药成分分子与目标蛋白分子之间形成了哪些氢键、疏水相互作用等...
图5 Tualang蜂蜜生物活性化合物对动脉粥样硬化的前十个关键基因网络 6. 基因本体和通路富集分析 为了进一步了解Tualang蜂蜜生物活性化合物对动脉粥样硬化的治疗效应所涉及的生物过程、细胞组分、分子功能和通路,作者使用DAVID生物信息学资源进行了基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。GO分析的结果...
5 -10.2 2.517 4.774 6 -10.1 1.933 10.911 7 -9.9 2.176 10.884 8 -9.8 1.794 3.600 9 -9.6 1.981 10.865 10 -9.5 2.431 10.943 11 -9.3 2.417 10.370 12 -8.9 2.404 10.285 13 -8.8 4.058 10.904 14 -8.7 5.574 11.291 15 -8.7 4.441 8.312 ...
本研究通过分子对接技术,发现三七方4个核心活性成分槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇和木犀草素,与5个核心作用靶点IL6、TNF、IL1β、TP53、AKT1能够产生显著的结合亲和力,提示三七方可能通过降低IL6、TNF、IL1β等炎症因子的表达水平,减轻神经炎症对...