设置搜索参数和算法,在最后一个弹出框中,第一个选项,Number of GA Runs表示我们对接多少次,这里默认0次,官方建议对接50次以上,这里演示就设置10次。还有,Maximum Number of evals 和Maximum Number of generations 的值可以设置大一些,从而获得较优构象,但值越大,后面运行AutoDock的时间会越长。 设置对接参数 接...
运行AutoGrid:Run-Run AutoGrid 双击箭头指向的Browse,会弹出工作目录,前面有提到过把autogrid4.exe复制进去,在文件夹中选择autogrid4.exe打开,后面的gpf相同操作。 更改后点击Launch 运行后会出现一个弹窗,等待它一会自动消失就行 9、运行AutoDock Docking Docking--Macromolecule--Set Rigid Filename--选择大分子....
4、设置工作路径 这样不管是在AutoDockTools加载文件还是保存，最先弹出的界面就是你设置的工作路径，比较方便，File-Preferences-Set 粘贴默认工作路径-Set 7、对大分子蛋白加全氢 打开软件AutoDockTools，File-Read Molecule-选择大分子pdb 加载pdb文件后 Edit-Hydrogens-Add--默认-OK，蛋白结构出现白色短线 转化为P...
AutoDock vina的计算需要用到两个程序,即vina.exe和vina_split.exe。其中vina.exe是用来做对接,vina_split.exe用来分割对接构象结果。在运算之前,从下载好的文件夹中复制这两个程序至6NJS文件夹中。同时将保存的蛋白及原配体的.PDB文件也放置在该文件夹中,其中6njs.pdb为蛋白文件,KQV701.pdb为原配体文件。
1）autodock安装：1.安装audtodock和autodock tool，默认并记住路径安装 2.新建文件夹：这个文件加主要适用于后面分子对接文件运行下载，直接新建在常用的盘，比如我所有的实验文件都有专门的文件夹且都在D盘，那我的文件夹就会建在这里，方便后面找文件拷贝三个文件(adt.bat,autodock4.exe, autogrid4.exe)这三...
1)autodock安装: 1.安装audtodock和autodock tool,默认并记住路径安装 2. 新建文件夹:这个文件加主要适用于后面分子对接文件运行下载,直接新建在常用的盘,比如我所有的实验文件都有专门的文件夹且都在D盘,那我的文件夹就会建在这里,方便后面找文件 拷贝三个文件(adt.bat,autodock4.exe, autogrid4.exe) ...
⑤进行分子对接:点击Run>Run AutoDock,在弹出的窗口中点击Browse,在弹出来的页面里再一次选择protein_ligand.dpf,点击打开,这样就自动生成了protein_ligand.dlg文件,Nice Level设置为20,然后点击Launch运行。6.查看对接结果点击Edit>Delete>Delete All Molecules>CONTINUE删除配体分子。点击...
1、打开AutoDock软件后,设置工作目录: File-Preferences-Set 将工作文件夹的位置复制下列红框中,点击Set保存。 2、导入大分子 Grid-Macromolecule-open-“MMP9.pdbqt” 询问是否保留电荷,点击YES 3、导入小分子 Grid-Set Map Types-Open Ligand 选择“lox.pdbqt” 4、生成对接盒子 Grid-Grid Box,调...
我们首先先看一下原子参数的配置文件,如果你安装软件的时候没有改变安装路径的话,应该在C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\MGLToolsPckgs\AutoDockTools这个路径下。 AD4_parameters.dat这个文件就是原子参数配置文件,不懂的话先不要更改它,你复制一份出来,用文本软件打开,你会找到如下的内容。这些就是已有...