转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
通过UPLC-MS/MS技术,在对照组与各PS-NPs处理组之间共鉴定出318个差异积累代谢物 (DAMs),其中上调DAMs数量远多于下调DAMs。通过整合转录组和代谢组数据,发现植物可以通过抗氧化酶系统抵消轻度PS-NP诱导的氧化应激,而不启动次级代谢防御机制。而重度PS-NP处理促进了代谢模式从初级代谢到次级代谢防御机制的转变,这种效应...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。 (来源于百迈客...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
联合分析思路 1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。
多组学技术可以通过对生物多种组学进行分析,从而对不同层次分子在生命系统里的功能进行联合探究。转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术,转录组分析用于了解基因在不同条件下的表达情况,代谢组分析则可以揭示代谢物在不同条件下的变化。两种技术的结合可以更全面地...
WGCNA分析:通过基因相似的表达模式,将基因归类到数个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,从而找到与关注的代谢过程最相关的模块,并构建共表达调控网络,鉴定关键基因。 相关性分析:基于基因表达量和代谢物含量计算基因和代谢物的相关性系数,推荐Pearson算法。这个方法原理其实和WGC...
基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与表型变化之间的连接，从“因”和“果”两个层面剖析生物学问题，通过筛选某一生物学过程中的关键基因以及代谢产物，构建核心的生物学代谢通路以及调控网络，解释影响表型...
空间多组学技术能够解析转录组、代谢组、蛋白质组或表观遗传组水平上的空间分子谱。空间转录组学能够测量mRNA的表达,而基质辅助激光解吸电离质谱成像(MALDI-MSI)则能够在组织切片的特定光栅点处收集质荷比(m/z)光谱。将空间转录组学和MALDI-MSI相结合以生成多模块空间数据,能够更全面地理解和洞察切片点的生物状态。