单细胞测序是一种高通量技术能够研究细胞异质性和细胞间相互作用,很多研究正在通过分析肿瘤细胞和免疫细胞相互作用来预测患者对免疫治疗的反应来个性化治疗。所以该研究对从LUAD样本中获得的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行全面评估,旨在辨别T细胞标记基因并建立预后特征,并通过GEO队列进一步验证该特征的预测能力。 样本 ...
CIBERSORT需要一个由条形码基因组成的“签名矩阵”,这些基因富含每种感兴趣的细胞类型。一旦创建并验证了合适的知识库,就可以应用 CIBERSORT 来表征大量组织表达谱中的细胞类型比例。 大致流程:药物靶点获取与DO\KEGG\GO富集//转录组数据下载与清洗//差异分析与GSEA分析//WGCNA分析//功能富集与PPI网络分析//药物靶点与...
本包适合内存大的电脑运行,我的40G的电脑也运行不了2w个细胞的scRNA数据,建议大家在Linux环境下运行。 报错修改 我们在使用Linux运行时,通常会遇到以下错误: ERROR; return code from pthread_create() is 22,或者是: 640.jpg 我初步怀疑是因为preprocessCore包版本问题或者损坏导致的,我们需要重新安装这个包,打开Li...
由于单细胞转录组(Single Cell RNA-seq,scRNA-seq)能剖析单个细胞内基因的表达、功能、鉴定出介导CCIs的蛋白质的细胞类型来源,细胞通讯研究因此得以迅速发展。 图1 细胞-细胞相互作用和通讯的类型及应用[1] scRNA-seq是当下的顶流,如何简单验证包括细胞通讯在内的结果也是需要考虑的问题。常见方法如: 1.qPCR验证。...
网络药理学 单体网药MCODE集群网络结合单细胞测序与bulk转录组 送TA礼物 来自iPhone客户端1楼2023-08-22 20:57回复 登录百度账号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示0...
scRNA-seq是当下的顶流,如何简单验证包括细胞通讯在内的结果也是需要考虑的问题。常见方法如: 1.qPCR验证。验证目标细胞类型中marker基因表达。 2.免疫组化IHC验证。验证目标基因的蛋白表达差异。 3.细胞流式验证。流式分选目标细胞,验证细胞类型。 4.Bulk RNA-seq验证。对流式分选出的细胞进行bulk测序,统计和比较...