Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...
蓝色方框中的球是本次测序获得的所有基因【共N个】,某个特定通路P包括基因共M个(红色小球);绿色圆圈是一次摸球事件,用来表示做了一次差异分析得到的差异基因【共n个】,这些基因中,有属于通路P的(红色球)【共k个】,有不属于的(黑色球)。问这次分析结果中,通路P的基因占比是否显著过高? 无放回的抽样问题,至...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但...
1)准确、快速地分离单个细胞;2) 从单个细胞中扩增微量RNA;3)提高大规模并行处理的细胞吞吐量,同时降低单独文库准备和测序的预算。4)scRNA-seq方法仅限于多聚腺苷酸mRNA分析,而非多聚腺苷酸RNA物种,包括非编码RNA和RNA修饰,目前的scRNA-seq方法尚未进行探索。5)缺少实验和计算方法的质量控制和标准化的共同...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2481、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 367、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
其原理是基于 RNA-Seq 技术中使用的建库方法。在建库过程中,首先将 RNA 片段反转录为 cDNA,并在其 3'端加上接头序列。然后,通过 PCR 扩增 cDNA 片段,产生大量的带有接头序列的 cDNA 分子。这些 cDNA 分子在测序过程中会产生大量的 reads(读取序列)。 在Bulk RNA 去重过程中,首先将所有样本的 reads 合并在一...
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
图1 不同空间转录组测序技术之间的比较(基因检测数量/细胞或Spot检测通量) 近日,浙江大学科研团队在Nature Communications上发表了题为De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution的研究论文。该研究创新提出了一种空间解卷积算法——Bulk2Space,利用β-VAE等深度学习框架,首次...
转录组测序(bulk RNA-Seq)分析主要包括上游数据处理,下游数据分析。 上游数据处理是指将测得的原始的reads变成基因表达矩阵。 下游数据分析是指对表达矩阵根据生物学问题和意义进行可视化分析。 一 上游数据处理 1.质量控制:对原始测序数据进行质量评估,检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等,确保数据的准确性和...
scRNA-seq数据分析:首先通过scRNA-seq数据分析,关注特定生物学过程(如氧化应激、缺氧、氨基酸代谢等)相关基因在不同细胞群间的表达异质性。这一步能够识别出在特定条件下具有独特表达模式的基因和细胞群。 bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调...