Bulk RNA-Seq(批量RNA测序)是一种通过检测组织或细胞群体中总RNA来研究基因表达水平的技术。其核心优势在于成本低、技术成熟,但存在细胞异质性样本中信息丢失的局限。以下从定义、应用、优缺点及联合应用方向展开说明。 一、技术原理与定义 Bulk RNA-Seq通过提取组织、器官或细胞群体的总...
RNA测序技术(RNA-seq)通过全组织匀浆取样策略获得全局性基因表达谱,其核心优势在于高测序深度(通常>50M reads/sample)带来的高灵敏度与定量准确性。实验数据表明,在相同测序通量条件下,RNA-seq的基因检测灵敏度可达单细胞测序技术的5-8倍,且通过改进建库策略(如SMART-seq、UMI标记等),其检测下限可延伸至单拷贝/细胞...
Bulk RNA-seq技术原理：1. 提取RNA：从样品中提取总RNA，包括mRNA、rRNA、tRNA等。2. RNA库构建：将提取的RNA进行反转录，并通过PCR扩增，构建成RNA-seq文库。3.测序：将文库通过高通量测序技术测序，得到大量的RNA序列数据。4. 数据分析：对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...
技术原理与应用场景 Bulk测序的核心逻辑是通过裂解整个组织样本,将其中所有细胞的DNA或RNA混合后统一测序。例如在肿瘤研究中,科研人员可能将整个肿瘤组织研磨成匀浆,通过RNA测序(RNA-seq)获得数万个基因的整体表达量数据。这种'群体均值'特性使其特别适用于: 跨物种比较:比对小鼠肝脏与...
单细胞测序能够获取组织中不同类型细胞的表达特征构建参考矩阵,通过反卷积的方法解析大样本量的 bulk RNA seq 数据。基于反卷积方法,对 bulk RNA seq 样本的表达谱进行分解,精确分析组织中细胞组成及比例,其基本原理是基于样本的表达矩阵和各类型细胞表达参考矩阵,通过反卷积算法推断组织中各类型细胞所占的比例。 关于...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2-补1-统计结果缺失值 一方面,大家不是计算机,确实很难记住所有基因的功能,另一方面生物功能的执行往往涉及多个基因或蛋白的相互作用,直接注释会发现大量功能交叠现象,导致分析结果冗余,不利于进一步的精细分析。这时最常听到的语句就是——你去做一下富集(enrichment)分析...
▶Bulk组学对下一步分析的意义:相较于蛋白组学,RNA-seq灵敏度更高,能够捕捉到蛋白质组学探测不到的基因表达变化。在钙化阶段,RNA测序显示出更多的过表达转录本,提示钙化阶段的细胞环境更加复杂,存在更多的免疫细胞浸润。然而,由于蛋白质才是驱动疾病发展的主要功能实体,研究决定在后续研究中重点关注主动脉瓣的蛋白组...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，...
当今,高通量组学测序技术可谓是高分文章的宠儿,科研工作者的宝器,尤其是在绘制疾病图谱、发现关键靶点、揭示疾病机制、找寻生物标志物以及推动个性化医疗等领域。Bulk RNA-seq就像是基础实验中的Western Blot(WB),是一项必备的核心生物信息学分析技能。现在开始学习,永远不算晚。跟随我们一起,重新启程,深入探索bulk RNA...