Hi-C与其他三维基因组技术特点 HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping...
基因组三维空间结构与功能的研究简称三维基因组学(Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics)。2003年Job Dekker及其合作者提出了染色质构象捕获技术(Chromatin Conformation Capture, 3C),用于测定特定的点到点之间的染色质交互作用。随后,科学家们扩展了3C技术,开发了4C技术(Circularized Chromatin Conformation Capture),用...
此外,研究者还将Droplet Hi-C拓展为单细胞多组学测序法Paired Hi-C,可同时检测单个细胞中的三维基因组结构和转录组。该方法可以将基因表达变化与染色质高级结构,癌细胞中的CNV、SV和ecDNA相关联。 总之,Droplet Hi-C为研究三维基因组在发育与疾病中的作用,尤其是在脑科学和癌症领域,提供了全新的方法。结合ecDNA检...
通过进一步改进,研究者开发出单细胞多组学测序法Paired Hi-C, 能够同时捕获单个细胞内的三维基因组结构和转录组,帮助研究人员探索染色质结构与基因表达之间的关系。 Droplet Hi-C技术有效解决了现有的单细胞三维基因组检测技术在异质性组织样品中的不足,为解析细胞类型特异性的染色质高级结构提供了全新方法,有助于揭示...
PCR 产物分析，例如分子遗传学诊断或基因指纹分析。通过切割含有特定序列的凝胶块来分离限制性基因组 DNA...
@河北蓝景科信生物科技有限公司DAPseq服务三维基因组技术 河北蓝景科信生物科技有限公司DAPseq服务 三维基因组技术,简单来说,就是研究基因组在细胞核内的三维空间结构,以及这种结构对基因转录、调控等生物过程的影响。它能帮助我们更深入地理解基因组的运作机制呢。
研究不同细胞类型的染色质结构差异是三维基因组研究的重要问题之一。利用Hi-C技术寻找差异染色质相互作用常常面临数据的稀疏性、高噪音和较少的生物学重复等困难。针对这些问题，该研究设计了SimpleDiff策略，通过对两组重构的单细胞全基因组三维结构中两点之间的空间距离进行非参检验的方式，可以高效检测染色质差异相互...
Hi-C技术是源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用来分析染色质三维空间结构的一种测序方法,主要是研究生物的3D基因组。自从2009年Hi-C技术首次被提出后,3D基因组的研究迎来了爆炸式的发展,相关的论文发表量增长了约6倍,可见其火爆。
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;...
利用Hi-C技术寻找差异染色质相互作用常常面临数据的稀疏性、高噪音和较少的生物学重复等困难。针对这些问题,该研究设计了SimpleDiff策略,通过对两组重构的单细胞全基因组三维结构中两点之间的空间距离进行非参检验的方式,可以高效检测染色质差异相互作用(differential interaction,DI)。基于该方法,研究人员发现染色质结构...