Projects Security Insights Additional navigation options master 4Branches7Tags Code README MIT license XP-CLR Code to compute xp-clr values as perChen, Patterson & Reich 2010. This implementation was written due to found bugs in the source of the original tool. ...
> xpclr --out ./chr1.txt --format vcf --input /home/maize/vcf/merge_1.filter.vcf --samplesA /home/maize/pop/pop_TEM_7.txt --samplesB /home/maize/pop/pop_parviglumis.txt --map ../../map/chr1.MT.map.distance --chr 1 --gdistkey None --phased --size 1000 --step 1000. ...
GitHub - hardingnj/xpclr: Code to compute the XP-CLR statistic to infer natural selection XP-CLR选择信号 XP-CLR | 选择扫荡分析 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score 若有问题,还请各位同行批评指教,先行谢过。 转载请注明出处,谢谢。
Hi, Thank you for the nice software. I have some questions. (1) I got the error/traceback messages below. Can I set another directory to write in. Traceback (most recent call last): File "/home/xiu/miniconda3/envs/rad/bin/xpclr", line 19...
没办法放弃conda安装,直接从GitHub安装:https://github.com/hardingnj/xpclr。 gitclonehttps://github.com/hardingnj/xpclr.gitcdxpclr python setup.py install 进入bin后,可直接运行xpclr: $ xpclr -h usage: xpclr [-h] --out OUT [--formatFORMAT] [--inputINPUT] [--gdistkey GDISTKEY] [--sa...
安装XP-CLR软件:您可以在这里找到源代码和安装指南→【https://github.com/hardingnj/xpclr】 若使用conda安装,按如下步骤 conda create -n xpclr -c bioconda xpclr 准备输入文件:通常需要VCF(Variant Call Format)或其他格式的基因型。 输入文件 文件populationA.vcf和populationB.vcf分别包含种群A和种群B的基因...
Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用Python重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr -c bioconda安装。
gitclonehttps://github.com/hardingnj/xpclr.gitcdxpclr python setup.py install 也可以使用 bioconda 安装: condainstallxpclr -cbioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用# 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。
Python版的仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。 安装 可以克隆 GitHub 仓库再安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 git clone https://github.com/hardingnj/xpclr.git cd xpclr python setup.py install 也可以使用 bioconda 安装: ...
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