第三层是WES测序,可以看到也是主要覆盖exon区域,但是跟intron区别是没那么整齐的分割线了,因为exon是探针捕获富集的,那么会把exon的侧翼区域也部分捕获,测序深度会由exon往intron递减。(下图是放大比较WES和RNA-seq) 最后是WGS测序,理论是它应该是全基因组覆盖,而且测序深度非常稳定,但是实际上,测序深度还部分由GC含量...
3、操作简单,配合自动化仪器,可以流程化操作 4、CNV-Seq平台兼容性好 CNV-Seq不足 1、无法检测异倍体,需补充STR检测 2、无法检测杂合性缺失 3、无法检测单基因病 全基因组测序(WGS) 全基因组测序(WGS)将整个基因组序列打断,无需进行基因捕获,直接建库上机测序。 WGS检测适用情况 其他测序方案阴性或者表型比较...
下一代测序 (NGS) 用于各种应用,例如检查 DNA 序列(全基因组测序 (WGS)、全外显子组测序 (WES))、研究 DNA 和组蛋白修饰(ChIP-Seq、Mmethyl-Seq、ATAC -Seq)和RNA测序,目前商业测序技术由Illumina主导。WGS 可以对基因组进行几乎完全覆盖的测序,通常可以识别约 300 万个单核苷酸变异 (SNV)。WES 仅关注 DNA...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
xgene:WGS,突变与癌,RNA-seq,WES 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了。 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP。又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个。
涉及技术:Hi-C、ATAC-seq、WGS、RNA-seq 1.翅膀发育过程中Ubx位点的表达 作者提供了四种蛱蝶的Ubx基因组区域的注释(图1A)。这些特征是作者的模式物种J. coenia和V. cardui以及Aglais(蛱蝶属)io的现有基因组资源。这三个物种的公开注释包括来自发育转录组的证据,作者在此基础上增加了一组来自枯叶蛱蝶Kallima inach...
CPTAC数据库包含基因组测序数据与蛋白组学数据。其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问。 蛋白组数据可通过PDC访问,CPTAC数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括ITRAQ和TMT。 收集的信息如下: ...
涉及主要技术:Hi-C、ChIP-seq、WGS、RNA-seq、CUT&RUN等 1.一个5Mb大小的H3K9me3结构域通过ML CGG STR扩增在iPSC衍生的NPC中划定X染色体上严重的长程染色质错误折叠 作者分析了一系列人类诱导多能干细胞(iPSC)系,其中CGG STR束为NL(5 - 40个CGG三联体,NL_18,NL_25,NL_27)、PM(61 - 199个CGG三联体,...
研究团队对来自98名患者的恶性腹水样本及相应的肿瘤细胞系进行了全基因组测序(WGS)、RNA测序(RNA-seq)、DNA甲基化和增强子图谱分析。结果发现,DGC可分为两种不同的分子亚型。其中一种亚型中,TEAD通路的抑制可规避治疗耐药性,有望开发针...
近日,美国圣犹大儿童研究医院研究团队在Cancer Discovery在线发表了题为“Genomes for Kids: The scope of pathogenic mutations in pediatric cancer revealed by comprehensive DNA and RNA sequencing”的文章,报道了一个基于全基因组测序(WG...