RNA-seq鉴定了蛋氨酸处理下胚胎中371个差异表达基因,包括H3K4甲基转移酶(Kmt2家族)的上调和DNA甲基转移酶(Dnmt3a等)的下调,与WGBS和ChIP-seq发现的表观遗传变化一致。 通过整合WGBS(DNA甲基化)、ChIP-seq(H3K4me3修饰)和RNA-seq(基因表达)数据,构建了蛋氨酸调控IL-5的表观遗传网络,联合分析揭示Eomes为蛋氨酸-IL-5...
食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。 代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。 四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自GSE149670。A、...
食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。 代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。 四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自GSE149670。A、...
食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。 代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。 四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自GSE149670。A、...
H3K4me3 peaks和DNA甲基化之间的重叠显示在基因组浏览器快照中,显示了HOXA发育基因簇(A)的ChIP-seq轨迹(蓝色)、MACS2 calling的H3K4me3 peaks(深蓝色)、WGBS轨迹(黑色)、CpG岛位点轨迹(红色,UCSC)和GC百分比热图(蓝色,低GC %;白色,50% GC;红色,高GC %),染色质修饰蛋白ARID5B (B),精原细胞标记物ZBTB16/PLZ...
本研究遵循ENCODE指南,使用DNA甲基化分析的金标准——WGBS,和H3K4me3的深度ChIP-seq分析了加拿大男性代表群体的精子表观基因组。ChIP-seq在7名男性个体中进行验证,WGBS通过定制精子MCC-seq方法进行验证。这种方法的局限性是MCC-seq不能覆盖全基因组。但本研究捕获中覆盖区域验证了WGBS的区域。当然有可能忽略到某些区域的...
A. 食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。 B. 代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。 C. 四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自...
f]RNA-seq鉴定了蛋氨酸处理下胚胎中371个差异表达基因,包括H3K4甲基转移酶(Kmt2家族)的上调和DNA甲基转移酶(Dnmt3a等)的下调,与WGBS和ChIP-seq发现的表观遗传变化一致。 通过整合WGBS(DNA甲基化)、ChIP-seq(H3K4me3修饰)和RNA-seq(基因表达)数据,构建了蛋氨酸调控IL-5的表观遗传网络,联合分析揭示Eomes为蛋氨酸-IL...
食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自GSE149670。A、C...
A. 食管癌细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平在四种不同PMD类别中的聚合图:共有PMD、EAC特异性PMD、ESCC特异性PMD、共有HMD。 B. 代表性基因组位点显示ChIP-seq的H3K36me2信号,以及WGBS数据的亚型特异性PMD。 C. 四种不同PMD类别的HNSCC细胞系中H3K36me2 ChIP-seq水平的聚合图。H3K36me2 ChIP-seq数据集获自...