首先把bam文件转为bw文件,详情:http://www.bio-info-trainee.com/1815.html 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 cd~/project/epi/mergeBam source activate chipseq ls*.bam|xargs-i samtools index{}ls*.bam|whileread id;donohup bamCoverage--normalizeUsingCPM-b $id-o ${id%%.*}.b...
bw-IGV 我们不妨先把bw文件放入IGV中观察一下peak_calling分布 image.png 第二行是DIPG_H3K27AC和GBM_H3K27AC的合并bw,可以发现相比DIPG,GBM的窄峰更多,GBM样本中更多的H3K27ac峰值可能指示有更多的活跃增强子,这些增强子可能促进了肿瘤生长和发展,意味着GBM肿瘤的基因组更加不稳定,有更多的基因表达变化和潜在的...
-R ${path}/TSS/hg38_TSS.bed: 指定包含转录起始位点的 BED 文件。 -S ${path}/p300.bw: 指定包含 p300 蛋白结合信号的 bigWig 文件。 --skipZeros: 跳过信号值为零的区域。 -o p300_TSS.gz: 指定输出矩阵文件的名称。 --outFileSortedRegions p300_genes.bed: 指定输出排序后的区域列表文件的名称。
基因组特征数据中的bigwig文件 是传承于wiggle二进制文件格式,特点是读取很快,并且文件比较小 1-based格式 之前bw都是需要通过wiggle生成的,不过现在可以通过bedGraph直接得到。比如 #installconda install -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwig#bedgraph to bigwigfori in`ls *bedgraph`do(head -n1$i&&tail -n +2 ...
首先对这些bam文件批量转换成bw文件。然后批量画图 ls ../*bam |while read id do file=$(basename $id ) sample=${file%%.*} echo $sample bamCoverage -b $id -o $sample.bw ## 这里有个参数,-p 10 --normalizeUsingRPKM computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -b 10000 -a 10000 -...
有很多读者来信,CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图,profile图呢? 这里隆重推荐deeptools这个软件: 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也有,macs2 pileup --extsize 200 ,...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
最后得到产物,至于的使用哪一个作为输入文件大家就根据需要来吧 H3K36me1EErep1_FE.bw H3K36me1EErep1_logLR.bw ## 2.5 峰注释(Peak_anno) ### ChIPseeker > ChIPseeker的功能分为三类: > 注释:提取peak附近最近的基因,注释peak所在区域。 > 比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便...
got: B39_AnnoPeaksOutputFile.txt可视化 用deeptools 的bamCoverage:把bam转为.bw文件 pos2bed能把peak.txt转为.bw文件 然后导入Igv查看 对至此跑到这里chip-seq的分析流程就大致跑通了。 编辑于 2022-02-26 19:10 生物信息学 数据分析 赞同9添加评论 分享喜欢收藏申请转载 ...
类似的文件还有bedGraph,统计区域比TDF还小。下图展示了三种文件的区别,在小分辨率下几乎没差异,在大分辨率下就会看出细节差异。因此,在文件大小上,bedGraph > TDF > bigwig。一般以bigWig(.bw)上传到数据库。 IGV的使用 第一步:IGV安装 上IGV官网,下载对应电脑系统的程序,按照提示安装即可。下载链接:https://...