对Trans-protein的pathway analysis,点击蓝色的GSEA 就会在这个网上运行WebGestalt (WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit): 它也可以跑reactome,只要选择pathway-->reactome就可以了,它的好处是可以给有一列是数值,而不是完全的gene list LinkedOmics 更raw一些,里面有TCGA和CPTAC的数据 Drug Screening Depmap 右上角Do...
>>> WebSestalt简介 WebSestalt 全称为WEB-based Gene SeT AnaLysis Toolkit。翻译过来也就是,基于网页的基因集的分析工具。由于基于网页嘛,所以就会很简单的入手。从这个数据库的更新来看,这个数据库有13,17,19版本,所以还是在一直更新的,结果的质量还是有一定保证的。这样对于不会编程的人而言,也是可以很容易上...
Functional enrichment analysis is an essential task for the interpretation of gene lists derived from large-scale genetic, transcriptomic and proteomic studies. WebGestalt (WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit) has become one of the popular software tools in this field since its publication in 2005. ...
笔点导航(www.bidianer.com)是一个简洁的网址导航网站。你可以自定义上网常用网址、自定义你需要的工具模块。你还可以发现、收集、分享,Web开发、设计工作中的优质资源、干货。
Webgestalt:WEB-basedGEneSeTAnaLysis Toolkit 一个在不同生物学背景下探索基因集的整合系统。 基因集是指具有遗传特性的基因编码的集合 Webgestalt由四个模块组成:基因集管理(genesetmanagement),信息检索(information retrieval),组织/可视化(organization/visualization),统计学(statistics) ...
CRISPRmatch - [Python] - An automatic calculation and visualization tool for high-throughput CRISPR genome-editing data analysis. CrispRVariants - [R] - A R-based toolkit for counting, localizing and plotting targeted insertion and deletion variant combinations from CRISPR-Cas9 mutagenesis experiments....
BioChip 主要提供水稻基因 表达数据的检索和获取等功能, 包括简单查询,批量 查询和高级查询, 提供的查询字段主要有 Affymetrix Probe Set ID, Locus ID, Analysis Nam 等. 数据结果主 要以表格形式提供, 而且不同表达值的探针用深浅 不同的颜色标注. 为保证芯片数据的安全性, 还专门 为本模块设计了一个安全系统...
Many software tools have been developed for this analysis, including our previously published Web-based Gene Set Enrichment Analysis Toolkit (WebGestalt) [ 1 ]. Major differences among existing tools include: 1) the statistical test used for the enrichment analysis; 2) supported organisms; 3) ...