(keinsci.com)用vmd给原子附上电荷啥的，我输入指令topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools...
topo clearbonds topo clearangles topo cleardihedrals topo clearimpropers # select atom in 1l2y ...
首先，在VMD的命令窗口TK console中输入相关命令。使用logfile console确保每一步的命令都会在窗口中输出，方便查看和调试。接下来，我们需要利用TOPO工具来完成多个分子的合并。在命令窗口中输入以下指令：package require topotools 1.1Step2set midlist {}set mol [mol newpart1.psf waitfor all]mol addfile part1...
vmd -bincoor coordinates.bin 7. vmdtopo命令:这个命令用于从CHARMM格式的拓扑文件加载分子的拓扑信息。例如,要加载一个叫做topology.top的拓扑文件,可以运行下面的命令: vmd -topo topology.top 这些命令只是VMD Linux命令的一小部分,尽管如此,它们涵盖了许多常见的加载和分析分子结构和模拟结果的任务。使用这些命令,...
topo writelammpsdata data.*** charge 对某类原子进行更改类别、名称或电荷: [atomselect top "name O3"] set type O [atomselect top "name H9 H10 H11 H12"] set type Hn [atomselect top "type O"] set charge -0.5 对模型中的一些原子进行分组: set Al [atomselect 1 "all"] set ANP [atomselec...
答：在VMD中，你可以通过以下步骤来合并两个模型：首先，确保两个模型都已加载到VMD中；接着，在Main菜单中选择“Model”选项，然后选择“Merge Models”功能；最后，按照提示选择要合并的模型，并确认合并操作即可。3、如何使用VMD导出data文件？答：在VMD的命令窗口中，输入“topo writelammpsdata XXX.data”命令，...
1、在使用VMD 的TOPO 工具中,如何将两个… .pdb分子和起来作为LAMMPS的输入data呢? 2、假设存在两个part.pdb 文件,我们想将它和起来。 step1: 在VMD的命令窗口 TK console 中 输入; logfile console:在窗口中输出每一步的命令; 这里需要用到TOPO这个工具 在窗口中输入: package require topotoo... 查看原文...
手册中明确讲到,仅有两种拓扑文件可以被VMD读取——.psf 和PARM。我们需要用到VMD中的插件topotools,这可以将input data提取出相关的键,角,二面角信息。由于不论分子如何运动,拓扑结构总是不会变的,因此我们可以将这些信息应用到dump文件中,轻松地制作出任意时刻的snapshot和movie。
VMD中两个模型合并,并导出为lammps的data文件 1 两个模型合并 2 导出data文件 topo writelammpsdata XXX.data
VMD可视化教程VMD_Visualization_Scripting_TopoTools 下载积分: 1006 内容提示: Draw me a picture!and other cool things to do with VMD and LAMMPS?1Chris MacDermaid24-March-2014download companion filesictp/vmd-viz/ 文档格式:PDF | 页数:59 | 浏览次数:406 | 上传日期:2016-05-01 16:48:24 | 文档...