首先，在VMD的命令窗口TK console中输入相关命令。使用logfile console确保每一步的命令都会在窗口中输出，方便查看和调试。接下来，我们需要利用TOPO工具来完成多个分子的合并。在命令窗口中输入以下指令：package require topotools 1.1Step2set midlist {}set mol [mol newpart1.psf waitfor all]mol addfile part1...
VMD可视化教程VMD_Visualization_Scripting_TopoTools 下载积分: 1006 内容提示: Draw me a picture!and other cool things to do with VMD and LAMMPS?1Chris MacDermaid24-March-2014download companion filesictp/vmd-viz/ 文档格式:PDF | 页数:59 | 浏览次数:403 | 上传日期:2016-05-01 16:48:24 | 文档...
我们需要用到VMD中的插件topotools,这可以将input data提取出相关的键,角,二面角信息。由于不论分子如何运动,拓扑结构总是不会变的,因此我们可以将这些信息应用到dump文件中,轻松地制作出任意时刻的snapshot和movie。 1.打开VMD,在tk console中输入 topo readlammpsdata file.data 注意,其中file.data是脚本所读取的...
keinsci.com)用vmd给原子附上电荷啥的，我输入指令topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools ...
对某一组原子进行移动: $Al moveby {-70 -70 -70} 合并分子0和分子1: ::TopoTools::mergemols {0 1} 设定盒子边界类命令: set cell [pbc set {10.0 10.0 10.0} -all] pbc box -center origin -color black -width 1 pbc box -on发布于 2021-08-07 09:12 ...
package require topotools topo clearbonds topo clearangles topo cleardihedrals topo clearimpropers #...
(see VMD manual). Selectingmassis highly recommendedbecauseelementis usually unset, and guessing fromtypeornamerequires error-prone heuristics. Atomic number guessing is based on thetopotools guessatomfunction and algorithm. Note that the heuristics will likely be inappropriate in the case of united ...
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools 看里面的例子。 topo readlammpsdata *.data 链接打不开,想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开,输入这个命令之前是否先导入你什么的?或者要操作一些什么呢? zzqzzq2007 直接打开VMD,在File中选New Molecule...,然后根据跳出来的窗口选择...
注意仔细观察data.H2O的格式。VMD的更新没有LAMMPS那么快，所以有时候Topo Tool plugin不一定对最新版的...
- VMD 1.9.3引入了多项新功能,例如自动从CHARMM到GROMACS的拓扑转换工具“topotools”插件。 - 更新了TachyonL-OptiX GPU加速的射线跟踪引擎,提高了计算效率和准确性。 4. **用户支持**: - 手册提供了联系方式,以便用户在遇到问题时能够获得帮助或反馈。 - 用户可以注册VMD以追踪更新并保持合法授权。 综上所述...