VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: ...
pbc box -width 2 -style dashed width是粗细，后面是虚线，好像还能改颜色来着，忘记啥命令了。pbc ...
pbc wrap-shiftcenterrel {-0.5 -0.5 -0.5}我们希望wrap后坐标的中心在{0 0 0}处,然而,默认情况下,wrap的中心在{L/2 L/2 L/2}处,所以我们要将其平移回来! pbc box-center origin -style tubes -width 1 -color gray【设置盒子中心,线性,线宽, 颜色】 pbc join res-border 5 【接上由于pbc导致的...
package require pbctools#get the x, y, z lengths of Solvation boxset xLen [lindex [lindex [pbc get -now] 0] 0] set yLen [lindex [lindex [pbc get -now] 0] 1]set zLen [lindex [lindex [pbc get -now] 0] 2]保存部分结构的轨迹除了...
Trajectory标签页中Color Scale Data Range输入-0.3和0.3然后点Set,这样设可以让速度的差异通过色彩充分地展现。在TkConsole输入pbc box -on使盒子显示出来。这样设好后,蓝点和红点将分别代表朝着x负方向(向左)和正方向(向右)有较大速度的氧原子,绿点代表x方向速度接近0的氧原子。播放轨迹,如下面的视频所示:...
输出体系的整个带电量:measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件:pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量:measure sumweights $all weight mass 体系总电荷:measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境package require...
pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all 2、旋转模拟盒子 2.1 可以使用键盘旋转 H,J,K,L键可以用来旋转盒子 2.2 也可以使用命令旋转 rotate x by 10 # x方向旋转10° 3、设置颜色 3.1 设置背景颜色 Graphics -> Colors -> Display -> Background -> 8 white ...
VMD画球 | 1.调背景颜色(默认黑色,一般调成白色):Graphics-Colors-Display-Background-8white,即可完成2.展示盒子pbc box -color black -width 2 -style dashed。盒子类型见图33.画球。在命令窗口依次输入:draw color red;红色球draw material Opaque;不透明graphics top sphere {x y z} radius r resolution...