sc VDJ-sequencing, single-nuclei (sn) RNAseq and Visium Spatial Transcriptomics (ST). Five donors (D) from the frozen samples were pooled into five reactions, each containing different locations (Loc) from donors
1.png 注: Multi-omics spatial lung atlas experimental design included fresh and frozen sampling from 5 locations for single-cell (sc) RNA sequencing (RNAseq), sc VDJ-sequencing, single-nuclei (sn) RNAseq and Visium Spatial Transcriptomics (ST). Five donors (D) from the frozen samples were ...
Recommended Sequencing: Minimum 20,000 read pairs/cell* Dual-Indexed Sequencing Run: Single Cell 5' v3 libraries are dual-indexed. We do not recommend sequencing 10x Single Cell 5’ v3 libraries with a single-index configuration. See: Can single index and dual index libraries...
一般的免疫组库测序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))以多重PCR或5’RACE技术目的扩增决定B细胞受体(BCR)或T细胞受体(TCR)多样性的互补决定区(CDR区),再结合高通量测序技术,全面评估免疫系统的多样性,深入挖掘免疫组库与疾病的关系。 用淋巴细胞分离液分离外周血T/B淋巴细胞,提取DNA(或RNA),采用多重PCR/5...
10X genomics单细胞VDJ测序是一种全面的研究免疫组库的方法,能够在单细胞基础上对数百个至数万个人或小鼠的T细胞和B细胞中适应性免疫反应的细胞背景和免疫组库进行同时分析。再加上Feature Barcoding技术,还能检测和分析更多的细胞数据——例如细胞表面标志物和抗原特异性等,从而加强免疫细胞表型分析,以及研究淋巴细胞和...
本系列会使用2021年Cancer Cell文章“Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in ccRCC to tumor topology and therapy efficacy”中的部分样本作为示例展示TCR的常见应用场景以及可视化。 该数据集的多个样本都有多处采样位置,多数样本同时含有RNA和TCR数据,且含有治疗前...
但是很多研究者很早就投入了科学研究,不得不令人佩服其科研精神。再回到单细胞空间的研究领域,新的动态也层出不穷,10Xgenomics最近也推出了Xenium---空间原位分子转录组技术,推动其空间研究达到亚细胞级,国内的空间技术也呈现出追赶状态,可以预见对于组织结构的三维认知将是未来研究的重要课题。
免疫组库测序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))是以 T/B 淋巴细胞为研究目标,以多重PCR或5’RACE技术目的扩增决定B细胞受体(BCR)或T细胞受体(TCR)多样性的互补决定区(CDR区),再结合高通量测序技术,全面评估免疫系统的多样性,深入挖掘免疫组库与疾病的关系。
本系列会使用2021年Cancer Cell文章“Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes and tissue-resident T cells in ccRCC to tumor topology and therapy efficacy”中的部分样本作为示例展示TCR的常见应用场景以及可视化。 该数据集的多个样本都有多处采样位置,多数样本同时含有RNA和TCR数据,且含有治疗前...
免疫组库(Immune Repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。免疫组库测序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))是以 T/B 淋巴细胞为研究目标,以多重PCR或5’RACE技术目的扩增决定B细胞受体(BCR)或T细胞受体(TCR)多样性的互补决定区(CDR区),再结合高通量测序技术...