Requires the input files to have chromosomes in th same order and consistent with the order of sequences in the header. (PR #1253; samtools/htslib#1089)ls *.raw.vcf > all.vcf.lst while read vcf ;do bcftools view -o ${vcf}.gz -Oz ${vcf} bcftools index ${vcf}.gz done < all....
使用`vcftools fst`命令时,你需要提供两个或多个VCF文件,每个文件代表一个群体或亚群体。该命令将根据所提供的群体信息计算不同级别的F统计量,包括Weir and Cockerham's Fst、Hudson's Fst等。此外,还可以通过添加参数来对F统计量进行加权或排除某些位点。 以下是`vcftools fst`命令的示例用法: vcftools --vcf ...