Uniprot ID转换通常指的是将Uniprot数据库中的蛋白质唯一标识符(Uniprot ID)转换为其他类型的标识符,如基因名、Ensembl ID、RefSeq ID等。以下是一个详细的步骤指南,帮助你理解并实现Uniprot ID的转换: 1. 明确Uniprot ID转换的目标格式 首先,你需要明确你想将Uniprot ID转换为什么样的标识符。例如,你可能想将Unip...
数据处理流程分为两步：第一步，将 XML 转换为 JSON；第二步，从 JSON 中提取所需信息。参考文章整理了代码，实现 XML 转 JSON 的功能。数据转换完成后，通过处理 JSON 文件提取信息并存为 CSV。使用 Python 代码提取 drug id、drug name、type 及靶点的 uniprot id 和 target name，输出为 items...
import requests import pandas as pd from xml.etree import ElementTree as ET from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed # 从PDB ID获取UniProt ID def get_uniprot_id_from_pdb(pdb_id): url = f"https://data.rcsb.org/rest/v1/core/polymer_entity/{pdb_id}/1" response = ...
文章来自微信公众号/FrontScience科研 1. 打开https://www.uniprot.org/ 选择Retrieve/IDmapping 2. 输入所要查询的Uniprot ID 选择From UniprokKB AC/ID To Gene name Submit 3. 下载结果
通过Uniprot ID转化蛋白质名称,可以快速方便地获得蛋白质的标识名称。以下是一些常见的转化方法: 1. Uniprot数据库的查询:通过访问Uniprot数据库,用户可以输入Uniprot ID来获取蛋白质的名称和其他相关信息。该数据库不仅包含了已知的蛋白质信息,还包括了未经验证的蛋白质信息,为科学家们提供了丰富的资源。 2.在线工具...
在UniProt数据库中,每个蛋白质条目都可能关联有一个或多个GO条目,这些GO条目描述了该蛋白质的功能和参与的生物过程。 要实现UniProt ID和GO条目之间的对应,可以使用多种生物信息学工具和资源,如UniProt网站、Bioconductor包中的函数等。通过输入UniProt ID,可以检索到与该蛋白质相关的所有GO条目,从而了解其在生物体中...
uniprot有对应的id。打开uniprot界面，在右下角找到设置，ID显示里就能看到对应的id号了。
在ID映射页面上，输入您需要转化的Uniprot ID。请确保每个ID之间用逗号分隔，以方便批量处理。在“From UniprotKB AC/ID”下拉菜单中选择“UniprotKB AC/ID”，确保“to”字段下拉菜单选择为“Gene name”。最后，点击“Submit”按钮执行查询。在提交请求后，页面将显示转化结果。请耐心等待页面加载完成，若...
网络药理学 Part2--成分靶点数据的处理(SWISS、Pharmapper)数据的筛选和uniprot ID的转换 小丑鱼在淡水 6. 成分基因与疾病基因Venn图(Venny2.1,微生信) 药学生阿程 cytoscape 做成分-靶点-通路-疾病-图 烟花步冷 各种ID转换基因Symbol的小程序 (Ensembl gene ID, Ensembl transcript ID, Gene ID, GB acc) ...
第一步，准备蛋白质序列数据 在获取蛋白质UniProtID之前，需要先准备好蛋白质序列数据。通常情况下，蛋白...