我们知道一般做功能富集分析用的都是基因的 symbol 或者 ENTREZID,所以我这里会先将 uniprot_ID 转换为基因symbol 再做。 1、uniprot_ID 转换 基因 symbol 来到uniprot 蛋白数据库官网:https://www.uniprot.org/,以human为例,输入human: 选择这些框框的地方: 然后点击上面的Downloa
网络药理学 Part2--成分靶点数据的处理(SWISS、Pharmapper)数据的筛选和uniprot ID的转换 7507 6 1:40:01 App uniprot,omim,drugbank,cytoscape使用 2283 -- 0:38 App 批量下载小分子 3884 -- 5:12 App 在线批量快速Ensembl基因id转symbol,NCBI entrez geneid转symbol 2074 -- 7:28 App F05.蛋白名转化...
(values = id, attributes = "uniprot_gn_id", # 需要查询的来源物种的attributes信息 filters = "uniprot_gn_id", # 参数过滤 mart = human, # 需要转换的基因名的种属来源 martL = mouse, # 要同源转换的目标种属 attributesL = c("mgi_symbol", "uniprot_gn_id", "ensembl_gene_id"), # 需要...
...1、uniprot_ID 转换 基因 symbol 来到 uniprot 蛋白数据库官网:https://www.uniprot.org/,以human为例,输入human: 选择这些框框的地方: 然后点击上面的...Names")] uniprot2gene uniprot2gene) uniprot2gene[3000:3010,] uniprot2gene[grep("^O",uniprot2gene...
gene symbol转换为protein ID: 参考资料:https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11171058.html 工具网站:https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php David数据库的详细用法说明: https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary ...
ID转换,一行搞定 1 2 3 4 library(org.Mm.eg.db)# mouse library(org.Hs.eg.db)# human library(clusterProfiler) gene.df <-bitr(genes, fromType ="SYMBOL", toType =c("ENSEMBL","ENTREZID"), OrgDb = org.Hs.eg.db) rsid common SNP的ID,一般以rs开头,其实完全可以用坐标代替,那样可读性就...
蛋白质名称转换为Gene symbol:简单快速将长长的蛋白质名称转换成基因名称,网络药理学蛋白质ID转换,转换率高 1527 -- 1:58 App uniprot数据库下载蛋白序列。 1784 -- 1:16:20 App 生物信息学数据库合集:PDB, genebank, embl, DDBJ, Uniprot, Pubmed 7623 -- 0:55 App 蛋白结构预测及功能初步注释|从序列、...
uniprot2gene$Symbol <- str_split(uniprot2gene$`Gene Names`, pattern =" ", n =2, simplify =T)[,1] uniprot2gene["P14678",] id2name <- uniprot2gene[,c(1,3)] head(id2name) id2name["P14678",] 现在有了这个对应关系,那是用uniprot id进行功能富集分析就不在话下了!
attributesL = c("mgi_symbol", "uniprot_gn_id", "ensembl_gene_id"), # 需要查询的目标物种...
下载最新的HGNC symbol,以及对应的ENSG ID,https://www.genenames.org/download/custom/。 Transcript ID isoform ENST 现有的ID都是已知的,由于技术的更新,这部分会飞速更新。 Protein ID Uniprot ID to other ID (ENSG etc.) https://www.uniprot.org/uploadlists/【ID转换】 ...