UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UK
UKBB-gwas目录保存在谷歌的table中,地址(docs.google.com/spreads) 我们可以看到,一个表型更具数据类型,性别做了6次GWAS分析,这是UKB原始库最大的特点,当我们的疾病和性别有关系时候那么选择UKB原始数据再好不过。性别很好理解,但是irrt和raw数据有什么区别,这里使用表型Food weight 来一探究竟,分别下载下载双性别irr...
UK Biobank 是一个大规模人群前瞻性队列研究，收集了来自英国的50万参与者的信息。其公开的GWAS数据被广泛用于科学研究。其中，IEU OPEN GWAS 和 GWAS Catalog 是两个主要的数据仓库，分别提供了UKB-gwas数据的访问。使用IEU OPEN GWAS 数据库调取UKB-gwas 数据非常便捷。只需搜索感兴趣的表型，数据库...
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳,最出名的当属IEU OPEN GWAS(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)。 使用IEU调取UKB-gwas比较简单,直接搜索表型,然后UKBB的也会被搜索出来,通过ID直接调取就好了,IEU已经对数据重新进行了质控和检验,所需要的变量都应经存在。 GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www.eb...
UKBB数据集下载流程(第二节) 2022 - NG - Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and incident disease in a single population cohort 这个时代的生信,统计遗传,不懂或不会用这个数据库就说不过去了。 看看10年GWAS里是如何定位和评价UK biobank的: ...
汇总数据-NEALE LAB PART 03 1. 基本信息 哈佛医学院的团队,获取了UKBB的个体数据,进行大型的GWAS分析,不可在线查看,提供了下载链接, 可自行down到本地后处理。 2. 网站链接 http://www.nealelab.is/ 两个可供使用的数据来源:2018和2020 ①2018
UKBBphenotype数据处理流程:https://github.com/Nealelab/UK_Biobank_GWAS/tree/master/imputed-v2-gwas phenotype 处理工具:Millard LAC, Davies NM, Gaunt TR, Davey Smith G, Tilling K. PHESANT: a tool for performing automated phenome scans in UK Biobank. bioRxiv (2017) https://github.com/astheegg...
1522 -- 1:03:00 App 孟德尔随机化之pan_ukbb数据转化 3701 1 1:02 App 孟德尔随机化之GWAS catalog下载的关联SNP转化 2881 -- 21:01 App 孟德尔随机化之LDSC和MRlap分析 1311 1 2:51 App 孟德尔随机化之可药物性基因数据获取 2625 2 29:49 App easyMR之药物靶向孟德尔随机化流程 1486 -- 10...
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳,最出名的当属IEU OPEN GWAS(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)。 使用IEU调取UKB-gwas比较简单,直接搜索表型,然后UKBB的也会被搜索出来,通过ID直接调取就好了,IEU已经对数据重新进行了质控和检验,所需要的变量都应经存在。
来自nature的ukb的21个社会行为特征数据2023年7月一篇在 Nature Human Behaviour 期刊发表的研究指出,当前的UKB数据用于MR分析时,可能忽略了社会行为学对GWAS的影响。许多常研究的因素会影响研究参与,包括身心健康、物质使用(如香烟和酒精)、收入和教育程度8-12,其中研究参与者通常比目标人群更健康。特别是在受邀参加UK...