UKB-PPP pQTL数据非常不友好，下载下来是不能直接分析的，因为数据按照染色体分开存放的，更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID，根本没有办法分析。既然下载好的数据是分开的，又没有SNP ID，想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换，这个就麻烦了，因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存，普通电脑根本...
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顺式-初级pQTL平均占总遗传力的20.5%,而反式pQTL占10.4%(图2d和扩展数据图7a)。我们发现前导pQTL组分与多基因组分之间存在显著相关性(Spearman’sρ = 0.68,P < 10−300;扩展数据图7b),多基因组分和反式pQTL组分之间...
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10.GeneMANIA分析【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 205 0 11:24 App 1.下载解压合并和转化SNP,暴露数据直接拿去用[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)] 42 0 03:39 App 11.GO富集分析【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 99 0 02:21...
现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:https://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119 登录后可查看图片 需要用邮箱注册一个账号,然后登录进去,点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方: 登录后可查看图片 登录后可查看全文...
该次研究也进一步证明了Olink Explore蛋白组学结合Illumina高通量测序平台,在进行pQTL发现和下游生物学机制研究中的技术优势,其中高达82%的检测蛋白具有顺式相关性(cisassociation),这也是Olink PEA方法对靶向蛋白具有高特性的有效验证。 参考文献: 1. Gen...
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###UKBPPP数据处理### folder_path <- "D:/mendelian_randomization/brugada syndrome/ukbPPP蛋白靶点鉴定/ukbppp下载欧洲/YY1_P25490_OID30446_v1_Inflammation_II/" untar(tar_file) files <- l…