UKB-PPP pQTL数据非常不友好，下载下来是不能直接分析的，因为数据按照染色体分开存放的，更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID，根本没有办法分析。既然下载好的数据是分开的，又没有SNP ID，想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换，这个就麻烦了，因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存，普通电脑根
自己可以下载自己需要的pqtl数据,也可以全部下载来,不过全部下载下来是比较困难的,因为这里有2940个文件,搞下来就高达2T数据,没有稳定的、高速的网络根本行不通。 UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。 既然下载...
现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:https://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119 需要用邮箱注册一个账号,然后登录进去,点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方: 自己可以下载自己需要的pqtl数据,也可以全部下载来,不过全部下载下来是比较困难的,...
UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。 既然下载好的数据是分开的,又没有SNP ID,想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换,这个就麻烦了,因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存,普通电脑根本无从...
现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:https://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119 登录后可查看图片 需要用邮箱注册一个账号,然后登录进去,点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方: 登录后可查看图片 登录后可查看全文...
其中就包含对这一个UKB-PPP最新数据的使用,大家无需繁琐的下载和处理过程,可以通过先锋计划直接快速提取该数据用于孟德尔随机化分析以及GWAS相关研究的分析,可以支持顺式反式、正向反向分析、多种条件分析等!还有更多持续更新的高质量数据可...
1.下载解压合并和转化SNP,暴露数据直接拿去用[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)] 生信私学 257 0 03.乳酸化基因获取【乳酸化多组学(eQTL/pQTL/SMR)GEO孟德尔随机化】 生信私学 443 0 07.pQTL孟德尔随机化分析【115.多组学eQTL/pQTL 孟德尔随机化、SMR 与共定位分析实战】 生信私学 221 0 03....
UKB-PPP使用Olink平台表征了 54,219 名UKB参与者的血浆蛋白质组学特征,并收集了2,923种蛋白质的数据。 2. 数据下载链接 https://www.synapse.org/#!Synapse:syn51365301 3. 数据来源文献 Sun BB et al. Plasma proteomic associations with genetics and health in the UK Biobank. Nature. 2023 Oct;622(79...
ukbppp 东亚蛋白组学数据来啦! 2023年10月发布了 UK biobank 的蛋白质组学 pQTL 数据数据( UKB - PPP ) 数据质量依然非常好,有多祖先的数据,每种数据里有2940个蛋白的 pQTL 但是该数据下载非常麻烦,需注册,登录,专门的软件下载,还有网速和电脑要求,未解压缩时大约2T,下载后需要进行数据清洗后方能使用!普通的...
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