进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。在 "clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
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UCSC Genome Browser是由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)开发的基因组数据可视化与分析工具,主要用于基因信息检索、序列比对
- Table Browser工具:进行复杂的数据查询和下载。 8. 结合其他数据库和工具: - 整合其他数据库,如Ensembl、dbSNP等。 - 与其他工具结合,如R、Python、Cytoscape等。 9. 参与社区和培训: - 通过UCSC网站了解研讨会、研究活动和培训课程。 总之,UCSC数据库是一个功能强大且灵活的基因组数据分析平台,通过以上步骤,...
从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口,支持多种格式的下载,下载gtf文件只是其中一个功能,网址如下 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables ...
直接利用table browser即可下载满足文件格式的所有文件序列:输入表格参数后,点击提交既可以批量得到你所需要的基因组序列,包括但不限于RNA的序列信息、注释信息等。 5. Variant Annotation Integrator Variant Annotation Integrator(VAI)是一种研究工具,用于将UCSC数据库中的注释与用户上传的变量调用集相关联。通过基因注释...