在日常的基因组研究过程中,经常要根据基因名字去提取基因Exon/CDS区域bed信息,或者需要获取基因转录本的序列信息。UCSC Table Browser可从基因组数据库(如refseq、ensemble等)下载数据,用户输入表格参数后,点击提交既可以批量得到所需要的基因bed文件和转录本序列等。本文将通过实际例子介绍怎么通过UCSC
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
那就来试试TableBrowser吧,以GM12878细胞1号染色体的96,140,169-96,345,440这段DNA序列上H3K27ac的bed.为例,首先在Tools中找到TableBrowser点击进入进行设置和查找信息,选定文件格式,输出即可获得对应文件。 结果示例: 其实,除了调控信息,UCSC中还有表达、变异等等关于基因组的很多信息,感兴趣的小伙伴赶紧来自己动手...
1. **进入UCSC Genome Browser 访问网站：[https://genome.ucsc.edu/]2. **选择物种和基因组版本 点击“Genomes”菜单 选中所需的物种和基因组版本 3. **选择“Tools”菜单，并选择“Table Browser”4. **在“Table Browser”页面中选择查询的基因组和数据表 例如：可以选择“Genes and Gene Pre...
23 中国测序论坛 中国测序论坛 Proteome From the Genome Browser home page, select Table Browser Proteome Browser • 输入一个基因代号或者Swiss-Prot/TrEMBL的蛋白ID号, Proteome就会以图片的形式提供丰富的蛋白信息和相关的到 其它网站的链接。 24 中国测序论坛 中国测序论坛 Custome Tracks 把自己...
与Table Browser的交集功能不同,Data Integrator可以输出所有选定轨道的所有字段。 💻 本地浏览器下载 除了在线使用,UCSC还可以下载为本地浏览器,对自己的测序数据进行更深入分析和共享。这对大型测序项目尤其有用。 我们的团队在多个研究项目中都大量使用UCSC平台,从基因结构分析到变异注释,从序列比对到数据可视化,...
从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口,支持多种格式的下载,下载gtf文件只是其中一个功能,网址如下 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 第一行的3个标签用于确定确定物种和版本。clade提供...
UCSC Genome Browser是由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)开发的基因组数据可视化与分析工具,主要用于基因信息检索、序列比对
我们来看看UCSC Genome Browser功能到底有多强大。Our tool集成数据库以及基因组学常用工具(Genome Browser、Table Browser、Gene Sorter、Proteome Browser、VisiGene、Genome Graphs、BLAT等)。如果使用这些工具还有问题或者是想找个专业人士讨论一下,那么你还可以写email到genome@soe.ucsc.edu获得专业帮助,是不是很友好...
教程UCSC Genome Browser 总体介绍 新闻栏The UCSC Home page: http://genome.ucsc.edu 详细介绍简单介绍 Custome Custome tracks tracks Genome Browser 中国测序论坛www.seq.cn 中国测序论坛www.seq.cn