从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口,支持多种格式的下载,下载gtf文件只是其中一个功能,网址如下 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 第一行的3个标签用于确定确定物种和版本。clade提供...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。在 "clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。在 "clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口,支持多种格式的下载,下载gtf文件只是其中一个功能,网址如下 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 第一行的3个标签用于确定确定物种...
从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务。 1. Table Browser Table Browser提供了一个检索和下载的入口,支持多种格式的下载,下载gtf文件只是其中一个功能,网址如下 http://genome./cgi-bin/hgTables ...
本文主要以人的基因组信息为例讲述如何在UCSC上下载想要的数据库和交叉数据库。 UCSC主界面如图所示,我们找到Table Browser点击进入。 在Table Browser里,我们选定人的基因组,采用最新的GRCh38版本,然后再选择Gene and Gene Predictions里的NCBI RefSeq作为想要导出的本地数据库。在导出格式里,我们选择了比较常用的BED...
在Table Browser里,我们选定人的基因组,采用最新的GRCh38版本,然后再选择Gene and Gene Predictions里的NCBI RefSeq作为想要导出的本地数据库。在导出格式里,我们选择了比较常用的BED格式,然后点击get output。 在Create one BED record per下面有一些选项,比如这里默认是Whole Gene,当然我们也可以选择启动子区域、外显...
在Table Browser里,我们选定人的基因组,采用最新的GRCh38版本,然后再选择Gene and Gene Predictions里的NCBI RefSeq作为想要导出的本地数据库。在导出格式里,我们选择了比较常用的BED格式,然后点击get output。 在Create one BED record per下面有一些选项,比如这里默认是Whole Gene,当然我们也可以选择启动子区域、外显...
至此,我们已经掌握了如何利用网页版和命令行LiftOver工具进行不同版本基因组坐标的转换,在实际应用中,用户可以根据自己的习惯进行选择网页版和命令行版本进行操作。下期,我们将介绍如何利用UCSC Table Browser提取dbSNP rs号在基因组上的坐标信息。 更多资讯请关注“仁科生物”公众号 ...
过程是不是非常简单,但是要注意哦,这里只是列明ENCOOD数据库中不同样本在该基因序列上不同转录因子结合位点,自己实验样本中转录因子的实际结合情况还得做实验验证。 做生信分析的小伙伴儿都知道,很多分析绘图过程需要使用bed.文件,就想问这里是否能直接下载呢?那就来试试TableBrowser吧,以GM12878细胞1号染色体的96,...