trim_galore命令这里用的也比较简单,总结下处理时遇到的问题 1 关于一次可以并行处理多少的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个,同时处理,是可行的。但最佳是不要超过240个样本,这好像是我的服务器能处理的最大量。 2 中间文件 开始生成的文件是 代码语言:javascript 复制 ├──[581]SRR8707681_1.fastq...
trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1(wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _2.fastq.gz>gz2(wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ paste...
用于修剪的核心数[默认:1]。要使Cutadapt能够使用多个核心,需要安装Python 3和并行gzip(pigz)在系统上。Trim Galore尝试通过which pigz命令自动检测pigz的可用性。 --temp_dir </path/to/TEMP_DIR> 指定要将临时文件写入的目录。默认情况下,将在当前工作目录中创建一个临时目录,并在处理完成后删除。 --retain_un...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/ cat config |while read id do arr=${id} fq1=${arr[0]} fq2=${arr[1]} nohup trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2 & done ...
具体流程见 trim_galore去接头(并行处理) 命令为 config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单，总结下处理时遇到的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个，同时处理，是可行的。但最佳是不要超过300个样本，这好像是我的服务器能处理的最大量。开始处理文件是 fq ...
trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 代码语言:javascript 复制 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1(wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _2.fastq.gz>gz2(wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ...