开始处理文件是 fq 1 ，也就是先对 _1 文件进行去接头处理，开始生成的文件是 然后同时对 -2 进行去接头处理，但往往是对1完成大半后 当1和2都去接头完成后，就会开始生成val文件，所以接下来会存在6个对应的文件，并且除report外都很大,下面是正在生成val 所以，这个如果并行很多样本，要空间...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1...
config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单,总结下处理时遇到的问题 1 关于一次可以并行处理多少的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个,同时处理,是可行的。但最佳是不要超过300个样本,这好像是我的服务器能处理的最大量。
经过clock修剪后,生成的文件(.clock_UMI.R1.fq(.gz)和.clock_UMI.R2.fq(.gz))应与Trim Galore一样进行适配器修剪和质量修剪。此外,需要从其3'端剪切read15bp以去除潜在的UMI和固定序列。命令如下: trim_galore --paired --three_prime_clip_R1 15 --three_prime_clip_R2 15 *.clock_UMI.R1.fq.gz ...
id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。....
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