开始处理文件是 fq 1 ，也就是先对 _1 文件进行去接头处理，开始生成的文件是 然后同时对 -2 进行去接头处理，但往往是对1完成大半后 当1和2都去接头完成后，就会开始生成val文件，所以接下来会存在6个对应的文件，并且除report外都很大,下面是正在生成val 所以，这个如果并行很多样本，要空间...
1 安装trim-galore 进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。 2 分离_1和_2文件 (wes)pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/ cat config |while read id do arr=${id} fq1=${arr[0]} fq2=${arr[1]} nohup trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2 & done ...
经过clock修剪后,生成的文件(.clock_UMI.R1.fq(.gz)和.clock_UMI.R2.fq(.gz))应与Trim Galore一样进行适配器修剪和质量修剪。此外,需要从其3'端剪切read15bp以去除潜在的UMI和固定序列。命令如下: trim_galore --paired --three_prime_clip_R1 15 --three_prime_clip_R2 15 *.clock_UMI.R1.fq.gz ...
read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c bioconda trim-galore trim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行...
read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20 1 安装trim-galore...进入wes环境,安装trim-galore source activate wes conda install -c biocondatrim-galoretrim_galore --help...trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。
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