Trim Galore是一个结合了Cutadapt和FastQC的工具，专门用于去除高通量测序数据中的问题部分，尤其适用于RRBS文库。以下是关于Trim Galore的详细解释：质量修剪：目的：从read序列的3’端修剪掉低质量碱基，以去除序列中的问题部分。作用：提高测序数据的质量，为后续分析提供可靠的输入。去除接头序列：方法...
默认情况下,只运行Cutadapt和Trim Galore。如果启用了这个选项,将运行Cut Galore以进行质量控制。 --cut_galore_options "<OPTIONS>" 将附加的Cut Galore选项传递给Cut Galore。如果要传递多个选项,它们必须以arg1 arg2 [..]的形式给出。示例: --cut_galore_options "--paired --length 30"。 RRBS特定选项(Msp...
trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2. 去除adapter序列 过滤掉低质量的碱基之后,trim_galore会调用cutadapt在reads的3’端查找adapter 序列并去除。通常情况下,我们需要指定对应的a...
Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列,然后对比前12-13bp...
singularity pull library://jiayiliujiayi/condas/trim-galore 1. 来源DEF解析- Singularity的"Dockerfile"解析 当成一个小型的linux机子,在linux服务器上怎么软件就在镜像中怎么装软件 最少原则:只装必要的软件 Bootstrap: docker From: alpine:3.8 #这里就是安装 ...
TrimGalore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据 ...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据 数据 版本信息 参考资料 原创 ...
#用法singularityexec-B$PWD:/in trim-galore_latest.sif trim_galore 3. 讨论 好处:不需要考虑环境依赖,开箱即用 不足:软件太多的话,镜像sif文件会占据存储空间 Trim galore软件比较旧了,我个人选择 4. 用AI写DEF 根据用户的需求和描述生成Singularity镜像描述文件(deffile)、转换Dockerfile到singularity的deffile...
Trim Galore是一款开源的、基于命令行的工具,主要用于对测序数据(主要是FastQ格式的文件)进行自动化的接头去除和低质量碱基过滤。它结合了Cutada... 15210 Trim Galore:一站式测序数据清理工具trim工具命令行配置数据 简说基因 2024-12-23 在生物信息学分析中,测序数据的质量是决定分析结果可靠性的重要因素。测序数...
ILLUMINACLIP:从reads中剪切adapter和其他Illumina特定序列。 SLIDINGWINDOW:执行滑动窗口修剪,一旦窗口内的平均质量低于阈值,则切割。 LEADING:如果低于阈值质量,则在reads起始处剪切碱基 TRAILING:如果低于阈值质量,则在reads末尾处剪切碱基 CROP:将reads从末尾切割为指定长度 ...