Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明...
一、部分参数说明1 #–q | ––quality <INT> 2 除了去除接头,同时修剪3‘端低质量的碱基;默认的phred分数为20;对不同的样本处理方式不同; 3 RRBS样本:先修剪3‘末端低质量碱基,随后再去除接头; 4 其他类型样本:低质量碱基和接头一次性处理;1 #––phred33 2 适用于IlLumina 1.9+:指导cutadapt使用ASCII+...
trimgalore参数-jtrimgalore参数-j 参数-j在Trimgalore中表示将所有的质量剪切剪掉。具体操作是利用Phred值对每个碱基的质量进行剪切,将低质量的碱基剪掉。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: 代码语言:javascript 复制 --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。--phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具体怎...
常见的参数包括质量阈值、去除接头序列等。c. 运行trim-galore:将测序数据文件作为输入,trim-galore将会输出修剪后的序列文件。 使用hisat2进行序列比对hisat2是一款用于将RNA-seq序列比对到基因组的工具。以下是使用hisat2进行比对的步骤:a. 安装hisat2:使用包管理器(如apt或brew)安装hisat2。b. 创建索引:使用...
ILLUMINACLIP:跟随四个参数,分别是:<fastaWithAdaptersEtc>为adaptesr文件完整路径(在Trimmomatic的默认安装目录下的adapter,有整理好的);<fastaWithAdaptersEtc>为seed matches(16bases)在匹配时的最大错配数目;<palindrome clip threshold>对于一对reads当得分超过30(约50 bases),seeds会被延伸和固定;<simple clip th...
命令行也借鉴一下（小小的改动），对很多参数不是很懂。/SSD750/PB1/soft1/trim_galore_v0.4.2/trim_galore -q 30 --phred33 --stringency 3 --path_to_cutadapt /opt/anaconda2/bin/cutadapt --fastqc -e 0.1 --length 35 --three_prime_clip_R1 1 --three_prime_clip_R2 1 -o...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。
trimgalore参数-jtrimgalore参数-j 参数"-j"用于指定使用多线程进行剪切。可以使用"-j <num_threads>"来指定要使用的线程数。默认情况下,"-j"参数设置为1,即单线程剪切。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
trim_galore是一个常用的用于对测序数据进行质量控制和修剪的工具,其命名规则通常遵循以下格式: trim_galore [options] <filename(s)>。 其中,trim_galore是命令的名称,[options]代表可选的参数,<filename(s)>代表需要进行处理的文件名。 在使用trim_galore时,可以添加不同的选项来控制修剪的参数,比如--quality来...