1 #-a | --adapter <STRING> 2 指定要修剪的接头序列;若没有特别指定,trim_galore将自动检测是否为以下的种类: 3 Illumina通用 4 Nextera转座酶 5 Illumina小RNA接头序列 6 如果在指定的第一个文件的前100万个序列中没有检测到接头或者在一些接头序列之间存在联系,trim_galore会默认使用”--illumina”(如果...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明...
trimgalore参数-jtrimgalore参数-j 参数"-j"用于指定使用多线程进行剪切。可以使用"-j <num_threads>"来指定要使用的线程数。默认情况下,"-j"参数设置为1,即单线程剪切。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
•预配置参数:Galaxy中的Trim Galore工具已经预设了常用的参数,你可以快速上手,无需过多配置。 •集成多种工具:除了Trim Galore,Galaxy平台还集成了其他常见的生物信息学工具,方便你完成从数据处理到分析的一整套流程。 总结 Trim Galore是一款功能强大的测序数据预处理工具,特别是在去除接头和修剪低质量碱基方面表...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。--phred33::选择-ph...
(1) 用法和参数 trim_galore [options] <filename(s)> trim_galore -j 4 -q 25 -e 0.1 --stringency 4 --length 20 --max_n 2 -o outputdir test.fq.gz #单端 trim_galore -j 4 -q 25 -e 0.1 --paired --stringency 4 --length 40 --max_n 4 -o outputdir test_1.fq.gz test_2...
对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。 hardtrim5参数用于从序列的3’端切除碱基,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 before:CCTAAGGAAACAAGTACACTCCACACATGCATA--hardtrim520:CCTAAGGAAACAAGTACACT ...
参数说明: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。 --adapter:输入adapter序列。也可以不输入,Trim Galore!会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个,也直接显式输入这三种平台,即--illumina、--next...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。
1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低质量序列,--length 50表示去除...