Dual RNA-seq直接抽提共生样本中所有的RNA,构建转录组文库,可以同时对2个甚至多个物种进行测序和分析,研究两个或多个相互作用的物种的转录本情况及相互作用。 实验方面:直接提取收到感染的细胞,并且不针对宿主和病原体单独提取,混合在一起进行测序,包含了感染细胞中病原体和宿主两者时空表达的转录本的状态。
Fig 1b Schematic representation of CITE-seq in combination with Drop-seq 本研究中,我们使用用于Drop-seq及10X Genomics的微流控仪器,将细胞包裹在纳米级的水滴中(Fig 1b)。之后,细胞在水滴中裂解,mRNA和与抗体结合的寡核苷酸通过它们3’端的polyA尾巴,同时与含有polyT的微珠发生退火而结合在一起。在反转录时...
在大多数情况下,多聚腺苷酸+ mRNA的是从总RNA中采取的polyA尾的存在的优点纯化。 翻译结果2复制译文编辑译文朗读译文返回顶部 大多数情况下, polyA+ mRNA 被从总 RNA 纯净利用 polyA 尾巴的出席。 翻译结果3复制译文编辑译文朗读译文返回顶部 在大多数情况下波利亚 + mRNA 的纯化后的 RNA 利用波利亚尾巴的存在...
Smart-seq-total,这是一种能够从单个细胞检测广泛的编码和非编码RNA(长非编码、microRNA和其他非编码RNA转录物)的方法。 3 工作流程 workflow 4 实验优化 4.1 引物改进 Smart-seq-total通过所有细胞转录物模板独立添加多A尾巴,进一步用寡-dT(含UMI)启动来捕获非多腺苷酸化RNA。 与Smart-seq3一样,Smart-seq-tot...
基于不同物种的转录组测序序列进行分析,描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因,进而进行相应的富集分析。 Dual RNA-seq直接抽提共生样本中所有的RNA,构建转录组文库,可以同时对2个甚至多个物…
基于不同物种的转录组测序序列进行分析,描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因,进而进行相应的富集分析。 Dual RNA-seq直接抽提共生样本中所有的RNA,构建转录组文库,可以同时对2个甚至多个物…
富集的RNA类型根据自己要求出发,如polyA RNA或rRNA-depleted RNA等,最后就是打断成200-300nt左右的长度。用于qPCR的RNA一共分成3类,即input、m6A-IP和IgG-IP,其中input占m6A-IP起始量约10%。如果用数字来表示那就是input需要100ng,m6A在IP前需要1ug,IgG在IP前也需要1ug。