随后打开 cytoscpe 可视化 风格化,NetworkAnalysis,简单优化,Outdegree得到如下 可以看到,虽然我们有很多几百个基因的模块,但从 TF Binding Motifs 分析来看,只有少数可能是非常关键的 hub genes。 我们可以过滤一下质量。 写在最后 到底,数据就数据,做做处理,或许就是有用的信息。 来自:生信药丸>《待分类》...
随后打开 cytoscpe 可视化 风格化,NetworkAnalysis,简单优化,Outdegree得到如下 可以看到,虽然我们有很多几百个基因的模块,但从 TF Binding Motifs 分析来看,只有少数可能是非常关键的 hub genes。 我们可以过滤一下质量。 写在最后 到底,数据就数据,做做处理,或许就是有用的信息。
再次proceed。如果你输入的几个基因，它的这个 nodes 以及这个 edges 它比较多的话，我们可以选择这个mininum network选项。也是我从文献里看到的，或者是你筛选一下它的degree，比如你只想要 degree 大于1的，你就可以提交，这样它就会筛选出来一部分更加重要的network，也方便你后面画图。点击proceed 那它就出现了这样...
那如果你想要用networkanalyst分析某一个方法,你就可以直接在文献里面找,那它的设置值是多少,参照文献来进行设置。 再来看看另一个文献,在这个文献里面它用的 network analyst 就是也是分析了TFs-miRNA,还分析了disease 和 chemical. 另一个文献,它用 network analyst 也是分析了gene跟 TF 的交互网络。同样下面也是...
接着,打开Cytoscape软件,通过File/Import/Network Fom File菜单导入本地网络文件,我这里导入的是上一步导出的GraphML文件。 导入本地网络后初始的效果如下: 在Style选项中Node(节点)属性设置窗口中,将节点的Shape改为椭圆;选中目标节点,通过Layout菜单下的Attribute Circle Layout/Selected Only命令,逐步将选中的节点排成...
每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 点击more按钮,可以查看详细信息,包括lncRNA,TF, gene在肿瘤患者和正常人中的表达量 与之类似的,还提供了Drug-lncRNA, TF-gene之间的相互作用网络,通过对应的导航栏都可以方便的查找结果,展示...
每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 点击more按钮,可以查看详细信息,包括lncRNA,TF, gene在肿瘤患者和正常人中的表达量 与之类似的,还提供了Drug-lncRNA, TF-gene之间的相互作用网络,通过对应的导航栏都可以方便的查找结果,展示形式和上面的lnRNA-TF-gene基本...
Significant pathways of 105 differentially expressed genes regulated by TF-gene regulatory network.Xiaotian ZhangZhaohui NiZipeng DuanZhuoYuan XinHuaiDong WangJiaYi TanGuoqing WangFan Li
Construction of a TF–miRNA–gene feed-forward loop network predicts biomarkers and potential drugs for myasthenia gravis Chunrui Bo, Huixue Zhang, Yuze Cao, Xiaoyu Lu, Cong Zhang, Shuang Li, Xiaotong Kong, Xiaoming Zhang, Ming Bai, Kuo Tian, Aigul Saitgareeva, Gaysina Lyays...
厦门润星贸易有限公司是一家多年从事大型系统(DCS)备件Foxboro,Ovation, Motorola MVME,HP,Honeywell,Yaskawa, AB,Woodward, Xycom,Network Appliance,Nokin,ABB,Fanuc,Siemens等进口自动化系统备件销售及系统集成的高新技术企业,在公司全体员工的努力及广大客户和业界同仁支持之下,公司业务迅速拓展,业务范围遍及华东、华南...