可以看到 Alt ID 对应的似乎 TF,Sequence Name 对应的是启动子上有对应 TF binding motifs 的基因。 如此,我们就得到了大规模的基因调控关系文本预测结果。事实上,如果你再结合共表达,结果真的没话说。 PS:如果你用的是 greedy.motifs 文件,操作完全相同。 可视化你的网络 当然,可视化的话,可以直接用 cytoscape ...
可以看到 Alt ID 对应的似乎 TF,Sequence Name 对应的是启动子上有对应 TF binding motifs 的基因。 如此,我们就得到了大规模的基因调控关系文本预测结果。事实上,如果你再结合共表达,结果真的没话说。 PS:如果你用的是 greedy.motifs 文件,操作完全相同。 可视化你的网络 当然,可视化的话,可以直接用 cytoscape ...
肿瘤类型和对应的lncRNA调控网络数量统计图示如下 通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 ...
答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 TF是转录因子,调控转录产物的,可以是mRNA,也是非编码RNA(例如miRNA),也可是其他.miRNA也可以作用于mRNA,影响mRNA的表达.反正,应该是一个调控的网络. 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 任意miRNA可以与任意的mRNA的3'UTR区结合么 miRNA对植物和动物的mRNA...
与之类似的,还提供了Drug-lncRNA, TF-gene之间的相互作用网络,通过对应的导航栏都可以方便的查找结果,展示形式和上面的lnRNA-TF-gene基本相同。 数据库中的信息是开发团队基于TCGA数据库中的转录组表达谱数据分析得到的,通过在线服务,我们可以方便的查看所有的lncRNA-TF-Gene调控网络结果。
LncMAP数据库收集整理了20多种肿瘤中相关的lncRNA-TF-gene调控网络信息,网址如下 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMA... 查看原文 生物信息学基础 。人类基因组计划研究发现只有3%的基因组序列是编码蛋白质的基因,而占人基因组62%的序列转录为lncRNA,这一结论提示非编码区域可能通过表达lncRNA,活跃地...
简单来说,如果我得到一堆差异表达基因,我想知道其中哪些 TF 可能结合到另外一些基因的启动子区域;或者我有一个WGCNA分析得到的基因共表达网络,在这种情况下,如果有转录因子成员结合到另外成员的启动子区域,那么我们就有更大的把握他们存在调控和被调控关系的可能性不会太低。剩下的当然就是实验验证。为了完成这个...