PS:如果你用的是 greedy.motifs 文件,操作完全相同。 可视化你的网络 当然,可视化的话,可以直接用 cytoscape 就可以了。 先在Excel 之类的程序做一下格式化,去掉或者增加一个 Flag,是的 Alt ID 的格式 和 Suquence Name 的格式一致,方便分析相互调控关系 我用Excel 打开 fimo.tsv 并格式化为如下: 随后打开 cyto...
可视化你的网络 当然,可视化的话,可以直接用 cytoscape 就可以了。 先在Excel 之类的程序做一下格式化,去掉或者增加一个 Flag,是的 Alt ID 的格式 和 Suquence Name 的格式一致,方便分析相互调控关系 我用Excel 打开 fimo.tsv 并格式化为如下: 随后打开 cytoscpe 可视化 风格化,NetworkAnalysis,简单优化,Outdegree...
通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 点击more按钮,可以查看详细信息,包括lncRNA,TF, ...
通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 点击more...
答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 TF是转录因子,调控转录产物的,可以是mRNA,也是非编码RNA(例如miRNA),也可是其他.miRNA也可以作用于mRNA,影响mRNA的表达.反正,应该是一个调控的网络. 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 任意miRNA可以与任意的mRNA的3'UTR区结合么 miRNA对植物和动物的mRNA...
TF是转录因子，调控转录产物的，可以是mRNA，也是非编码RNA（例如miRNA），也可是其他。miRNA也可以作用于mRNA，影响mRNA的表达。反正，应该是一个调控的网络。
2、H19-TF-gene 三联体的鉴定 基于FPKM(每千碱基外显子的片段每百万次读取)得分与TRANSFAC和TRRUST 两个数据库,从TCGA BRCA数据集中筛选出了8181对TF-靶基因对表达,分别对应625个独特的TF基因和2198个独特的非TF基因。 采用线性回归(图1B公式1)得到TF和基因的表达谱,然后将这些表达谱输入第二个线性回归模型(...
构建基因调控网络gene regulatory network (GRN): 1),根据共表达确定每个 TF 的潜在靶基因:过滤表达式矩阵并运行 GENIE3/GRNBoost; 基于共表达推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。 2),使用RcisTarget对每个共表达模块进行顺式调控基序(cis-regulatory motif)分析 ...
科研时间:LncRNA-TF-Gene网络通路的构建 在这里,我们提出了一个在线的构建LncRNA-TF-Gene网络工具-LncMAP。 此工具通过整合基因组广泛的转录调控与配对的lncRNA和基因表达谱,显示转录与其调节的靶基因以及lncRNA网络关系。对揭示人类癌症生物学机制有重要意义。 Here, we proposed an integrated framework-LncMAP (Ln...
1）TF--Gene-Protein他们之间会存在怎样的调控关系。比如说TF含量高了，导致GENE表达提高，然后造成...