而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特异性,有助于解析生物体抵御病原微生物入侵的免疫机制。将scRNA-seq与TCR/BCR-seq相结合,可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据,从而从多
案例2：基于RNA-seq数据发现预测HER2+乳腺癌患者化疗疗效的BCR/TCR标志物 [4]免疫微环境是HER2+乳腺癌患者治疗预后的重要因素，鉴定免疫标记物对优化该病的化疗效果至关重要。本研究对接受NeoALTTO（N=254）或CALGB 4060（N=264）III期临床实验前的共518个患者RNA-seq数据采用MiXCR软件进行回顾性研究，系统探索了BC...
TCR-seq数据分析的主要目的就是统计各区域基因的出现频率,即geneUsage。这个时候就轮到今天的主角上场了——immunarch是一个R包,可以用来对很多软件的TCR-seq数据如mixcr、10X等做后续的数据分析。该R包含有丰富的处理函数以及多样性的数据展示类型,用起来也是相当方便,那话不多说来看一下如何使用该R包。
对于BCR/TCR的克隆型鉴定和表达定量,常规的做法是采用特异性引物扩增BCR和TCR序列并对扩增产物进行高通量测序,也就是免疫组库测序的方法。然而,BCR和TCR本质上也是蛋白编码基因,其转录后形成的mRNA自然可以被转录组测序测到,这也使得基于转录组测序数据分析BCR/TCR免疫组库信息成为可能。 一、分析软件 众所周知,BCR...
一、分析软件 众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4...
分析软件 众所周知,BCR和TCR的表达信息虽包含于转录组数据中,但其表达的mRNA占全部mRNA的比例往往较低。因此,需采用特定的软件来完成免疫组库信息的提取和后续分析。其中,经典的免疫组库分析软件MiXCR[1]可以通过调用rnaseq-cdr3模块来实现免疫组库分析。此外,哈佛大学刘小乐团队专门开发了对应的分析工具TRUST4[2]...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...