所以,作者首先剔除了那些由于测序错误造成的、可信度较低不能用于MID分组的单个Reads。然后采用单细胞RNA-seq相似的方法分析,并在将低read数量的MIDs去除。结果显示,MID聚类后能对TCR的RNA分子准确定量(图4)。 图4 可以发现,唯一CDR3s的多样性的覆盖度会随着加入的RNA...
从而在淋巴结,外周血或者骨髓细胞中出现1个或2个主要淋巴细胞克隆,呈单克隆性,TCR和Ig基因家族的单克隆重排是淋巴瘤细胞群的重要特征。 基于此原理,IG/TCR的克隆性重排检测能够在一定程度上指导对B/T细胞克隆性的判断。早期已有研究发现...
传统的免疫组库测序技术,也就是我们通常所说的免疫组库测序(IR-SEQ),会利用多重PCR或者5’RACE技术来精确地放大那些决定TCR和BCR多样性的关键区域——互补决定区(CDR区)。随后,这些放大后的片段会通过高通量测序技术进行深度分析,这样我们就能够全面、深入地了解免疫系统的多样性,并进一步探究免疫组库与各类疾病...
由于传统的TCR-T开发过程耗时长、效率低,可能不适合个性化治疗。在scRNA-seq、TCR-seq、CITE-seq等技术的帮助下,研究人员能够使用CXCL13、ENTPD1(CD39)和CD200肿瘤新抗原特异性T细胞的高频分子特征来快速全面地表征各种肿瘤中的T细胞,直接从患者身上获得新抗原特异性TCR可以极大地加速个性化T细胞治疗,详细研究内容可见...
Kite Pharma公司已利用免疫组库(HTS-IR)的高通量测序和计算生物学方法(包括群体和单细胞水平的TraCeR和单细胞TCRseq)来重建TCR并鉴定免疫原性新抗原。流式细胞仪已被用于从患者中筛选出肿瘤抗原特异性T细胞,通过单细胞技术获得识别这些抗原的TCR基因,并将其导入患者的外周T细胞进行治疗。这种探索为分析T细胞的多样性和...
对CD4-ACT方案处理的小鼠和未处理的对照的分选的CD11b+Ly6G肿瘤浸润性单核吞噬细胞进行scRNA-seq分析,源自CD4 ACT治疗和未治疗肿瘤的单核细胞-巨噬细胞簇之间存在明显的分离(图3a–c)。差异基因表达和基因组富集分析揭示IFN应答基因在治疗中的强烈激活(图3d)。RNA速度和伪时间推断的计算揭示Ly6c hi炎性未成熟单核...
T细胞疗法是癌症免疫疗法的一个分支,旨在利用T细胞的特异性和功能来对抗肿瘤,主要包括:肿瘤浸润淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocytes, TILs)、嵌合抗原受体T细胞(chimeric antigen receptor modified T cells,CAR-T)以及工程化T细胞受...
Aizik等人采用B细胞受体高通量测序(BCR-Seq)来分析肿瘤浸润淋巴细胞B细胞(TIL-Bs)的抗体库特征,以及其在不同组织中的分布情况。数据表明抗体库特征是识别肿瘤反应性B细胞的良好指标。 详见:BCR抗体库测序应用|揭示肿瘤浸润B淋巴细胞免疫特征 3.更加适配的一体化分析流程 ...
创始人团队来自美国芝加哥大学,在2010年开始使用免疫组高通量测序技术开展各种疾病相关研究,于2016年通过自主研发,全国首家推出NGS-MRD血液肿瘤微小残留病(MRD)检测Seq-MRD®,并授权泛生子(纳斯达克代码:GTH)使用。同时,公司拥有Immun-Traq®肿瘤治疗伴随诊断、Immun-Cheq®|T细胞免疫测评以及ImmuHub®免疫组测序科研...