TCR-seq TCR-seq是为检测TCR多样性发展出来的测序技术,目前有两大主流技术:多重PCR和5' RACE。两种技术的原理如下图所示,技术优劣势如下表所示: image image 上述两种技术都有两个共同的问题:PCR重复引入的定量准确性问题和PCR/测序扩增引入的假阳性TCR问题。 不同TCR之间扩增效率无法一致,因此不同TCR扩增时会不...
原理:定制与TCR-α链/β链目标区域序列互补配对的DNA/RNA探针,与gDNA/cDNA杂交,然后进行目标区域捕获,并对目标区域进行扩增放大信号,是TCR-seq的另外一种方法。 优劣:相对于多重扩增子建库,该方案仅需较少的PCR过程,PCR偏好更小。但是,虽然杂交捕获可以耐受一些与目标序列不同的碱基,但是由于TCR区域本身的高度复杂...
TCR-seq可以为抗感染免疫治疗后免疫细胞的特异性改变和免疫效应降低提供科学的免疫学机制,从而及时指导并调整抗感染免疫治疗的方案,还能对治疗疗效和耐受性进行评估,对于精准医疗的发展具有极大的促进作用。 3)移植排斥反应中急性排斥反应的预测和干预指导 移植排斥反应(transpl...
东亚、南亚和欧洲的45人的TCR基因,确定TCRα(TRA)、β(TRB)、γ(TRG)和δ(TRD)等位基因变体,并从四个基因位点组装一个人类TCR V、D和J种系基因数据库,确定不同人群之间频率不同的等位基因;进一步分析了来自五对同卵双胞胎的可公开获得的TCR Rep-seq库,探索新的等位基因;将现代人类...
原理示意图: 3、 TRUST的使用 一、输入准备: 输入文件需要bam和与之对应的索引文件bai 第一步:比对RNA-seq数据,获得bam文件,并且将未比对上的reads和比对上的reads合并到一个bam文件里,作为TRUST输入。 第二步:为输入文件bam构建索引,注意bam文件和对应的索引文件bai要在同一个路径下。
几种组学技术用于获取TCR序列。其中一种方法是谱系测序(AIRR-seq),用于系统分析TCR,从而确定其序列和多样性。单细胞测序技术是另一种正在积极开发的方法,通过DNA和RNA分析提供更精确的免疫细胞中受体分布数据。该技术能够识别形成TCR的具体α和β链,提高分析分辨率。
原文链接:http://nature.webvpn.ustc.edu.cn/articles/s41586-019-1895-7 小编之前有详细的整理过一系列的单细胞转录组测序数据分析内容哦~浏览相关分析内容的原理、工具、分析结果详情请戳下方链接哦~烈冰生物不仅可以进行专业的单细胞转录组测序,而且正式上线开展单细胞TCR-Seq。如有需要,欢迎咨询!
现有的新抗原预测的经典完整工作流程可概括为以下几个步骤:①对PBMC或正常组织和肿瘤组织进行全外显子测序(WES),以鉴定肿瘤特异性突变肽;②通过外周血细胞中的RNA-seq或DNA-seq分析HLA分型;③预测突变肽与MHC分子之间的亲和力;④优先考虑候选肽的TCR识别。目前,已经为每一步建立了许多有价值的生物信息学工具,因此...
图1. TRUST4的技术原理 成功案例 案例1: 基于RNA-seq数据构建中国最大人群的脑胶质瘤免疫组库数据库[3]中国脑胶质瘤基因组图谱计划（CGGA，Chinese Glioma Genome Atlas）拥有脑胶质瘤相关的最大规模的RNA-seq数据，以及匹配的临床和基因型信息。为探究中国人群脑胶质瘤免疫组库特征，本研究纳入了CGGA的913个脑...