因为分子分型临床应用还是有一定难度,所以IHC检测结果的TNBC通常是代替基底样型,而大量的公共数据库也会记录患者的ER,PR,HER2的IHC结果,比如TCGA和METABRIC的乳腺癌病人。但是这两个数据库里面到底是TNBC病人多少个呢? 比如一个摘要就提到:TNBC samples obtained from bothTCGA (N = 150) and METABRIC (N = 320)...
在下面两个数据库,可以分别下载到总共550个病人数据,分别是355 and 195 TNBC samples Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium (METABRIC) The Cancer Genome Atlas Consortium (TCGA) 使用consensus聚类 这里直接可以使用https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ConsensusClusterPlus....
1、转义符 首先我遇到了一个问题,就是我的变量里的id是‘TCGA-B6-A0X7-01’诸如此类,而我的数据集中则是‘TCGA·B6·A0X7·01’,所以首先我要统一id名,这里就用到了gsub函数,但是这里需要用一个转义符。 colnames(exprSet1)<-gsub('\\.','-',colnames(exprSet1))#转义符 这两个‘\\’是必须加的...
Oncomine box plot RNA expression data for PD-L1 (CD274) shown within the TCGA (Fig 5A. TNBC and Fig 5B. nodal status) and Fig 5C. Gluck datasets (PAM50 data).Hatem, SolimanFarah, KhalilScott, Antonia
('TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz',sep='\t')colnames(phe)phe_tnbc<-phe[,c(1,20,25,67)]er<-phe_tnbc[phe$breast_carcinoma_estrogen_receptor_status=='Negative',]pr<-er[er$breast_carcinoma_progesterone_receptor_status=='Negative',]her2<-pr[pr$lab_proc_her2_neu_immunohistochemistry_...
因为分子分型临床应用还是有一定难度,所以IHC检测结果的TNBC通常是代替基底样型,而大量的公共数据库也会记录患者的ER,PR,HER2的IHC结果,比如TCGA和METABRIC的乳腺癌病人。但是这两个数据库里面到底是TNBC病人多少个呢? 比如一个摘要就提到:TNBC samples obtained from bothTCGA (N = 150) and METABRIC (N = 320...