clinicalData(cbio, studyId = "brca_tcga") # 筛选 TNBC 样本tnbc_samples <- clinical[ clinical$ER_STATUS_BY_IHC == "Negative" & clinical$PR_STATUS_BY_IHC == "Negative" & clinical$IHC_HER2 == "Negative", ] # 查看 TNBC 样本数量 # 去除 patientId 为 NA 的行clin_data <- tnbc_...
么是三阴乳腺癌(TNBC)?三阴乳腺癌是指乳腺癌免疫组化结果:雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体2(Her-2)均为阴性的乳腺癌。(推荐大家学习生信技能树的创始人jimmy在B站发布的视频: 但这种分类方式是根据免疫组化的结果来判断的,那在我们没有免疫组化结果的时候,如何从RNA-seq角度来识别哪些样...
基于年轻非裔美国女性TNBC的表观遗传学和转录组学差异,研究了上游因子与分子功能显著变化的关联。在TNBC患者中,年轻的非裔美国患者AR水平最低,AR的表达与ESR1表达相关,提示这些基因有共同的调节作用。在AR表达水平较低的同时,ESRRA在激素受体阴性和TNBC肿瘤中表达水平较高,特别是在年轻的非裔美国患者中更为突出。提示...
什么是三阴乳腺癌(TNBC)?三阴乳腺癌是指乳腺癌免疫组化结果:雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体2(Her-2)均为阴性的乳腺癌。(推荐大家学习生信技能树的创始人jimmy在B站发布的视频:https://www.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz) 乳腺癌的分子分型 但这种分类方式是根据免疫组化的结果来...
TNBC是最恶性的乳腺癌,本身也是可以继续分类,分子分型的研究不少了: 首先是2011的meta分析,J Clin Invest.2011 Jul;把TNBC分成6类:Basal-like 1 (BL1), basal-like 2 (BL2), immunomodulatory (IM), mesenchymal (M), mesenchymal stem-like (MSL) and luminal androgen receptor (LAR) ...
因为分子分型临床应用还是有一定难度,所以IHC检测结果的TNBC通常是代替基底样型,而大量的公共数据库也会记录患者的ER,PR,HER2的IHC结果,比如TCGA和METABRIC的乳腺癌病人。但是这两个数据库里面到底是TNBC病人多少个呢? 比如一个摘要就提到:TNBC samples obtained from bothTCGA (N = 150) and METABRIC (N = 320...
tnbc_s=a[apply(eph,1,function(x)sum(x=='Negative'))==3,1]tnbc_ssave(tnbc_s,file='tnbc_s.Rdata') 然后在TNBC病人里面挑选那些既有normal又有tumor的样本,这样就只有9个TNBC病人了,他们的表达矩阵的主成分分析如下: 可以看到,normal和tumor在RNA-seq的表达水平上泾渭分明,就可以做差异分析流程啦,代...
使用D评分体系,可以显示某些染色体CNA事件,如4p缺失、2p获得和TP53突变与低D评分组中的TNBC/IDC-Basal以及某些特殊组织学类型有关;而22q缺失、20q获得和GATA3突变率的增加是高分化组织学的共同特征。研究者对这12组分类进行基因组学分析,包括 DNA 拷贝数改变(CNA) ...
比如乳腺癌,你可以看lumA,lumB,basal,HER2 等亚型,其中TNBC可以继续细分为3~7种亚型,当然了,现在有了单细胞转录组数据的加持,细胞亚型会越来越清晰。如果要整合多组学数据,分类也会更加复杂。 再比如是胃癌,也是有4种分子分型,具体如下: ①爱泼斯坦-巴尔(Epstein-Barr)病毒(EBV)阳性型肿瘤:约占胃癌的9%,表现...
Studies have shown that the presence of tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in Triple Negative Breast Cancer (TNBC) is associated with better prognosis. However, the molecular mechanisms underlying these immune cell differences are not well delineated. In this study, analysis of hematoxylin and ...