clinical <- cBioPortalData::clinicalData(cbio, studyId = "brca_tcga") # 筛选 TNBC 样本tnbc_samples <- clinical[ clinical$ER_STATUS_BY_IHC == "Negative" & clinical$PR_STATUS_BY_IHC == "Negative" & clinical$IHC_HER2 == "Negative", ] # 查看 TNBC 样本数量 # 去除 patientId 为 NA 的...
因为GitHub容量限制,我仅仅是挑选了TNBC的病人,代码如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)a=read.table('TCGA-BRCA.survival.tsv.gz',header=T,sep='\t')a=read.table('TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz',header=T,sep='\t',quote='')(tm...
还研究了生殖系突变的差异,结果显示,BRCA2生殖系突变仅在HER2低表达亚型中发现,在HR+/HER2低表达疾病中比HR-/HER2低表达疾病更常见。BRCA1生殖系突变集中在由HR-/HER2低表达和HR-/HER2-0肿瘤组成的TNBC亚型中(图3E)。 图3在不同的HER2状态下的突变分布 6、按 HER2 状态分层的 CNV 分布和分子簇 在NGS数据...
上面的分类是常规组织器官来源分类方式,其实癌症的异质性已经是广为人知了,基本上TCGA计划每次对一个癌症的多组学进行总结和整理的时候,就会依据表达量模式以及其它组学特性把成百上千个癌症病人划分为三五个有固定模式的分子分型。 比如乳腺癌,你可以看lumA,lumB,basal,HER2 等亚型,其中TNBC可以继续细分为3~7种亚型...
单细胞转录组数据显示,PANX1高表达的TNBC肿瘤样本B细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、骨髓细胞、NK细胞和NK T细胞的浸润率较低,癌症相关成纤维细胞(CAFs)、浆细胞和Tregs的浸润率较高,表明PANX1可能是基底样乳腺癌中exADO积累和免疫抑制TME建立的关键基因。
什么是三阴乳腺癌(TNBC)?三阴乳腺癌是指乳腺癌免疫组化结果:雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体2(Her-2)均为阴性的乳腺癌。(推荐大家学习生信技能树的创始人jimmy在B站发布的视频:https://www.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz) ...
“TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz” 通过上图得到的三个重要信息: 数据下载链接 样本数:1217 count值计算方法:log2(count+1) 下载好样本信息及表达矩阵的数据之后,我们就可以开始处理数据了。 挑选出TNBC样本 首先根据样本信息找到三阴性乳腺癌的样本。
PathExt_BRCA Project Overview Breast cancers exhibit substantial transcriptional heterogeneity, posing a significant challenge to the prediction of treatment response and prognostication of outcomes. Especially, translation of TNBC subtypes to the clinic remains a work in progress, in part because of a ...
load( file = file.path(Rdata_dir,'tnbc_paired_exprSet.Rdata') ) dim(exprSet) ## 对表达差异结果数据取整 exprSet=ceiling(exprSet) 下面进行无重复样本的差异分析 ## 方法一:edgeR library('edgeR') library('ggplot2') rawdata -> #重命名列名 names(rawdata) ->brca','no') ...
TCGA数据挖掘之BRCAsubtypeposter TCGA数据挖掘之BRCAsubtypeposter 这是一篇review，里面有几个图，我们重现了 这次 jimmy交给我了学徒任务，只能硬着头皮上，主要是完成一个海报的两个突，真的是指哪打哪！需要重现的图有：marker基因差异表达与PAM50分型的热图:somatic突变图谱与PAM50分型 step1.数据下载 Agilent ...