乳腺癌是女性最常见的癌症之一，该癌症类型广泛研究，TCGA项目中的BRCA数据对于乳腺癌的研究和治疗具有重要意义。2. LUAD（Lung Adenocarcinoma）：肺腺癌。肺腺癌是肺癌的主要亚型之一，它起源于肺的细胞组织，有时会扩散到其他部位。TCGA的LUAD数据对于深入研究肺腺癌的发病机制和潜在治疗靶点起到了关键作用。3. LUS...
LUAD和386中共有518个与ECT2共表达的基因在LUSC中与ECT2共表达的基因中,重叠聚类中仅有98个基因。在LUSC中没有观察到与LUAD中的KEGG途径相关的一些基因。这些差异可能有助于解释LUAD和ECT2的不同预后价值LUSC,这也值得进一步研究。 通常做TCGA数据挖掘都要大量的编程,但是作者只用了三个网页工具,没有用任何编程...
当然,也可以根据情况,对其中的癌症类型进行合并,比如自己定义 LUNG,LUNG 里面包含了LUAD(Lung adenocarcinoma)和 LUSC(Lung squamous cell carcinoma),比如第一幅图中的最左边的一组数据,里面就是 LUNG Normal 和 LUNG Cancer,如果你只有一个 Normal,而有两个 Cancer 类型,这个数据呈现的格式跟其他组的放在一起就...
6.2.4 TCGA-LUAD 6.2.5 TCGA-LUSC 6.2.6 分析 代码gitee地址 参考资料 1.目的 通过实际数据集上的编程实践,掌握高维数据常用的数据探索与可视化技术,观察和理解“维数灾难”问题的涵义、以及相似性度量和维归约的重要性。 2.数据 癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas Program, TCGA)数据库 (https://portal...
包括BRCA、COADREAD、GEA、KIRCKICH、KIRP、LGGGBM、LUAD、LUSC、OV和UCEC在内的十种癌症类型的数据是通过两代Infinium芯片生成的,即较旧的HumanMethylation27(HM27)和较新的HumanMethylation450(HM450:396,065个特征)。 因此,我们使用了包含22,601个特征的合并HM27-HM450数据矩阵,这些特征在HM27和HM450平台之间共...
KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌 ...
KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌 ...
与正常组织相比,肿瘤的分泌组异常基因数量差异很大。例如,PAAD有1365个失调基因,而肝细胞肝癌(LIHC)有380个(Fig.1C)。上调和下调分泌组基因的比例在恶性组织中也有广泛的分布,PAAD、胃腺癌(STAD)、ESCA和HNSC为72%至93%,而LUSC、LUAD和前列腺腺癌(PRAD)为24%至27%(Fig.1C)。
CHOL 胆管癌 COAD 结肠腺癌 DLBC 淋巴肿瘤弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 ESCA食管癌 GBM 多形性胶质母细胞瘤 HNSC 头颈部鳞状细胞癌 KICH肾嫌色剂 KIRC 肾肾透明细胞癌 KIRP 肾肾乳头状细胞癌 LAML 急性髓系白血病 LGG 脑低级胶质瘤 LIHC 肝细胞癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 间皮瘤 OV ...
KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌 ...