所以我设置的学徒作业是:下载TCGA数据库中LUSC的转录组信号值矩阵,LUSC病人分成了4类T1-4亚型分别与Normal组做差异分析,就是3*4=12个表达矩阵,12次差异分析,画PCA图,热图,火山图,以及用于差异分析结果比较的Venn图。 下面让我们一起看看一个优秀学徒的表演,该学徒很久以前在我们这里分享过他跨专业进入生信学习圈子...
pd=read.table("TCGA-LUSC.GDC_phenotype.tsv.gz",header=T,sep = "\t", quote = "\"",dec = ".", fill = TRUE, comment.char ="",row.names =1) gset_mRNA=read.table("TCGA-LUSC.htseq_counts.tsv.gz",header=T,sep ="\t", quote ="\"",dec=".", fill =TRUE, comment.char ="...