6.2.4 TCGA-LUAD 6.2.5 TCGA-LUSC 6.2.6 分析 代码gitee地址 参考资料 1.目的 通过实际数据集上的编程实践,掌握高维数据常用的数据探索与可视化技术,观察和理解“维数灾难”问题的涵义、以及相似性度量和维归约的重要性。 2.数据 癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas Program, TCGA)数据库 (https://portal...
当然,也可以根据情况,对其中的癌症类型进行合并,比如自己定义 LUNG,LUNG 里面包含了LUAD(Lung adenocarcinoma)和 LUSC(Lung squamous cell carcinoma),比如第一幅图中的最左边的一组数据,里面就是 LUNG Normal 和 LUNG Cancer,如果你只有一个 Normal,而有两个 Cancer 类型,这个数据呈现的格式跟其他组的放在一起就...
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌,HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PCPG 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤,PRAD 前列腺癌、SARC 肉瘤、SKCM 皮肤黑...
乳腺癌是女性最常见的癌症之一，该癌症类型广泛研究，TCGA项目中的BRCA数据对于乳腺癌的研究和治疗具有重要意义。2. LUAD（Lung Adenocarcinoma）：肺腺癌。肺腺癌是肺癌的主要亚型之一，它起源于肺的细胞组织，有时会扩散到其他部位。TCGA的LUAD数据对于深入研究肺腺癌的发病机制和潜在治疗靶点起到了关键作用。3. LUS...
KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC lung squamous cell carcinoma 肺鳞癌 ...
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌,HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PCPG 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤,PRAD 前列腺癌、SARC 肉瘤、SKCM 皮肤...
数据:癌症基因图谱( TCGA)数据库中 5 种不同类型癌症(包括BRCA, BLCA, LGG, LUAD 和 LUSC,每种为一个数据集)病例的 RNA 转录组(RNA-seq)数据。 关于数据集的下载在上一篇文章。下载完成后每一个病例都是一个.gz的压缩包。网上大部分关于这个数据库的处理都是用的R语言,自己想尝试一下用Python处理一下。
4、确定ECT2高表达能做LUAD中差的OS和RFS的独立预后因素,但在LUSC患者中不能 5、ECT2 共表达基因的KEGG分析 通过以上分析,确定ECT2能作为非小细胞肺腺癌的预后因子。 本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。想交流此文的可以加作者微信QQXJ16 ...
包括BRCA、COADREAD、GEA、KIRCKICH、KIRP、LGGGBM、LUAD、LUSC、OV和UCEC在内的十种癌症类型的数据是通过两代Infinium芯片生成的,即较旧的HumanMethylation27(HM27)和较新的HumanMethylation450(HM450:396,065个特征)。 因此,我们使用了包含22,601个特征的合并HM27-HM450数据矩阵,这些特征在HM27和HM450平台之间共...
LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 胸膜癌 OV 卵巢癌 PAAD 胰腺癌 PCPG 肾上腺癌 PRAD 前列腺癌 READ 直肠癌 SARC 软组织癌 SKCM 皮肤癌 STAD 胃癌 TGCT 睾丸癌 THCA 甲状腺癌 THYM 胸腺癌 UCEC 子宫内膜癌 UCS 子宫癌 UVM 眼癌 这样展示给大家,会不会很唐突,大家保存就是了,整理是需要时间和经理的...