请问TCGA数据库里AML为何会是LAML，两者有何区别？因为LAML是特指TCGA项目中的急性髓系白血病样肿瘤（Acute Myeloid Leukemia-like），而不是传统意义上的急性髓系白血病（Acute Myeloid Leukemia）。这个命名方式是为了区分TCGA项目中的特定亚型。在TCGA项目中，LAML代表一组具有类似急性髓系白血病特征的肿瘤样本，这些...
在TCGA项目中，LAML代表一组具有类似急性髓系白血病特征的肿瘤样本，这些样本可能包含一些与传统AML有所不...
上次我们说到把代谢基因做差异分析,由于TCGA中上传整理的并不是严格的tumor-normal实验设计,我们前期一直探索的LAML数据,就是没有normal样本的,那么就得选取别的分组做差异分析。而在差异分析前不能忘记的就是——再次强调表达量矩阵分析一定要三张图,根据老师的要求先
ESCA esophageal carcinoma 食管癌 GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性...
基于欧几里得距离的聚类分析显示,PAAD 显示出与其他癌症不同的基因表达谱(Fig.1A)。食管鳞状细胞癌(ESCA)和头颈鳞状细胞癌(HNSC)也有类似的表达特征(Fig.1A)。 为了测试基于转录组的分泌体分析是否定义了肿瘤类型,进行了主成分分析,发现PAAD、急性髓系白血病(LAML)基因群、LUSC和COAD和READ组成的cluster在12种癌症...
KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG Brain Lower Grade Glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC Liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD Lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC Lung squamous ce...
对33例癌种进行分析,可以看出(红色为paired tissues, 浅蓝色为tumor tissues):有10类癌种是无paired normal样本,因而不能进行 T vs N的差异表达分析。其中比较特殊的是SKCM,其均为Metastastic 样本;而LAML为非实体瘤,故而其也没有paired normal tissues。
cli<-read.table("TCGA-LAML.GDC_phenotype.tsv",header=T,sep="\t",stringsAsFactors=FALSE)cli[1:4,1:4]#随访数据 surv<-read.table("TCGA-LAML.survival.tsv",header=T,stringsAsFactors=FALSE)surv[1:4,1:4]#结合,提取部分列 cli_surv<-cli%>%inner_join(surv,by=c("submitter_id.samples"="...
laml = read.maf(maf="STAD.mutectAdjustBarcode.maf.txt",clinicalData="clinical.STAD.tsv")#read.maf()函数有两个最关键的参数maf,clinicalData,这个两个数据框只需要共同的Tumor_Sample_Barcode,这个一点用起来非常方便,很多帖子并没有提到此处,详细信息可参考maftools的官网。注意:TCGA直接下载的maf文件第16列...