因为LAML是特指TCGA项目中的急性髓系白血病样肿瘤（Acute Myeloid Leukemia-like），而不是传统意义上的急性髓系白血病（Acute Myeloid Leukemia）。这个命名方式是为了区分TCGA项目中的特定亚型。在TCGA项目中，LAML代表一组具有类似急性髓系白血病特征的肿瘤样本，这些样本可能包含一些与传统AML有所不同的特征或亚型。...
上次我们说到把代谢基因做差异分析,由于TCGA中上传整理的并不是严格的tumor-normal实验设计,我们前期一直探索的LAML数据,就是没有normal样本的,那么就得选取别的分组做差异分析。而在差异分析前不能忘记的就是——再次强调表达量矩阵分析一定要三张图,根据老师的要求先
首先根据maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化得到了laml数据,那么可以用以下方式获得基因云图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(wordcloud2)data2<-as.data.frame(table(laml@data$Hugo_Symbol))da2<-subset(data2,Freq>=3)#3就是minMut参数的值wordcloud2(da2) 二 瀑布图(...
GEPIA可以TCGA数据库自己的肿瘤组织和正常组织进行比较,也可以匹配GTEX数据库进行比较,可以看到,这个基因在多种癌症中都有差异表达,高表达会标为红色,低表达的标为绿色。可以看出这个基因在急性髓性白血病(LAML,Acute Myeloid Leukemia)中表达最高。如果研究泛癌的话,这张图就可以放文章里面。 下面还有Bar plot图展示...
1、ACC腺样囊性癌;2、BLCA 膀胱癌;3、BRCA 乳腺癌;4、CESC 宫颈鳞状细胞癌;5、CHOL 胆癌;6、COAD 结肠癌;7、DLBC 淋巴癌;8、ESCA 食管癌;9、GBM 脑癌;10、LGG 脑癌;11、HNSC 头颈部鳞癌;12、KICH嫌色细胞癌;13、KIRC肾透明细胞癌;14、KIRP乳头状肾细胞癌;15、LAML 骨髓癌;16、LIHC 肝癌;17、LUAD...
[9]"TCGA-LAML""TCGA-ESCA""TCGA-SARC""TCGA-ACC" [13]"TCGA-PAAD""TCGA-BLCA""TCGA-KICH""FM-AD" [17]"TCGA-LUSC""TCGA-THYM""TCGA-GBM""TCGA-UCEC" [21]"TCGA-COAD""TCGA-LUAD""TARGET-AML""TARGET-NBL" [25]"TCGA-DLBC""TCGA-UVM""TCGA-THCA""TARGET-OS" ...
LAML 0.675 1.725 0.5 0.675 KICH 0.8 1.075 0.725 0.85 MESO 0.975 1.15 0.775 0.925 PRAD 1.175 1.475 1 1.175 KIRC 1.425 1.975 1.05 1.375 LGG 1.425 1.725 1.175 1.4 KIRP 1.75 2.1 1.575 1.7 CHOL 1.975 2.675 1.7 1.95 OV 2.05 4.3 1.625 1.95 BRCA 2.3 3.05 1.65 2.2 SARC 2.35 2.95 2.025 2.425 ...
其中一类受性别影响较弱,是LGG, GBM, COAD, READ, and LAML 另一类受性别影响较强,包括THCA, HNSC, LUSC, LUAD, LIHC, BLCA, KIRP, and KIRC 并且提出一个sex-bias index 的概念来描述他们的差异 defined on the basis of the ratio of new cases of female and male patients ...
数据排列的整整齐齐,进入就是直接的下载链接,没什么好说的,当然,如果你懂url,就明白,这些链接是有规律的。所以你没必要进入页面一个个下载了,只需要按照规律来构建好下载url即可。 看规律 1.https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz 2.https://gdc.xena...