转换TCGA基因ID到R语言代码 以下是一个示例代码,演示了如何将TCGA基因ID转换为Ensembl ID的R语言代码: # 安装和加载Bioconductor包if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomaRt")BiocManager::install("AnnotationDbi")library(biomaRt)library(AnnotationDb...
LIHCdata1<-separate(LIHCdata,Ensembl_ID,into = c("Ensembl_ID"),sep="\\.") LIHCdata1[1:4,1:4]接下来我们需要对ID进行转换，转换的方法也有很多，有R包，在线数据库。小工具等，这里我们通过下载最新版的GTF文件来进行转换。首先，打开ensembl网址：http://asia.ensembl.org/index.html 点击Download ...
比较简单的解决方案是:GSEA + R的策略: (1)用GSEA软件完成分析 (2)基于分析结果,用R语言绘图的 在本期Omicshare小课堂中,我们演示如何用一个R脚本(我们提供现成的脚本)绘制一个更简洁清晰的GSEA plot。代码非常简单,一学就会,如下: >source("gseaplot_modified.r")>replotGSEA("my_analysis.GseaPreranked_resu...
5分钟教你学会R语言处理GEO数据集、ID转化、差异基因分析 | 芯片数据分析 董一点生信 2.1万 17 5.KEGG、GO富集分析 叉叉滴同学的生信笔记 849 0 模块化学习生信分析之GEO数据库(上) | GEO数据库介绍 | GEO数据处理 | 芯片数据处理 | GEO2R | 差异基因分析 | 生信入门 董一点生信 5128 0 13.药物敏...
trans_exp():将tcga或tcga+gtex数据进行基因id转换 t_choose():批量做单个基因的t检验 cor.full()和cor.one() :批量计算基因间的相关性 4.生存分析及可视化 point_cut():批量计算生存分析最佳截点 surv_KM():批量做KM生存分析,支持用最佳截点分组 ...
● 数据标准化处理:【启动软件】-【选择矩阵】-【TPM】-【转换并导出】 ● 数据ID转换 ● 准备分组文件 在使用生信人工具盒做TCGA差异分析时,需要自己手动准备分组文件。 ● 根据TCGA编号判断样本类型 TCGA的样本编号有自己的一个特征,例如在本例中样本编号方式为:TCGA-3T-AA9L-01。
首先进行ID转换,转换方法跟之前分享过的方法是一样的,将Genesymbol和logFC粘贴到新的txt文档中,然后运行R脚本。 获得转换后的ID后,就可以进行GO和KEGG富集分析,并生存GO和KEGG的富集图。这里提供了两种图形输出的脚本,一个是输出常见的柱状图和气泡图,这两个图形采用GO和KEGG脚本即可。
class(gtf)gtf=as.data.frame(gtf);dim(gtf)colnames(gtf)table(gtf$type)#step2:先筛选出gene对应的行gtf_gene=gtf[gtf$type=="gene",]save(gtf_gene,file="gtf_gene.Rdata")}load("gtf_gene.Rdata")load("TCGA-CHOL_DEG.Rdata")#如果自己准备话,就将数据做完差异分析后再进行ID转换deg=DESeq2_...
library(stringr) # 行名ID转换:方法1(推荐) head(rownames(exp)) library(AnnoProbe) annoGene(rownames(exp),ID_type = "ENSEMBL") # 转换不了 rownames(exp) = str_split(rownames(exp),"\\.",simplify = T)[,1];head(rownames(exp)) ...
##将中间的连接“-”转换成“.” t=clincal T=data.frame(gsub("-",".",t$sampleID),t) colnames(T)[1]="SampleID" T=T[,-2] Clinical=T ##匹配并合并之,得到的数据既有临床数据,又有某个基因的表达数据 gene_clinical=data.frame(Clinical[match(rownames(GENE),Clinical$SampleID),],GENE) ...