但是如果我们要进行基因转换的话，需要在这里下载数据嘛，首先肯定是可以的，但是我们也有更简单的方法，那就是在UCSC XENA的数据库里面，已经把gencode v22的信息整理好了，我们直接下载就行了。至于这个ID数据和TCGA的数据如何合并到一起，这个就是看自己的数据处理功底了。可以用EXCEL的vlookup函数来进行合并吧。好...
了解了TCGA使用的参考基因组版本后，我们可以通过访问Gencode数据库获取对应版本的基因信息。然而，对于转换ID到基因符号的需求，使用Gencode数据库可能较为繁琐。实际上，UCSC XENA数据库已经将Gencode v22版本的信息整理好，用户可以直接下载使用，简化了数据准备步骤。将TCGA ID与基因信息合并，通常需要使用...
这个配置文件里面有esymbolid和基因id一一对应的关系,接下来我们需要一个脚本,就在上面图片里,然后将输入文件里面的esymbolid按照这个gtf配置文件里面的esymbolid和基因id一一对应的关系将esymbolid换成基因id,从而得到我们今天需要的这个矩阵,这个矩阵里面的基因名称和样本名称在发文章的时候,都是要用到的。这个矩阵里...
TCGA数据库数据下载与整理,差异分析,lncRNA与mRNA分离,生存分析,ceRNA调控网络,miNRA差异分析,ID转换 TCGA数据库分析宫颈鳞状细胞癌(CESC) 生物信息学是将分子生物学与信息处理技术结合,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的交叉学科,其目的是利用各种数据库,分析整理其数据的意义而揭示大量复杂的生物数据所...
TCGA数据库ID转换问题 写在前⾯ 我们在使⽤TCGA数据库的时候，从TCGA数据库下载到的数据，使⽤的原始数据ID是ENS ID。对于这样的ID号，我们⼀⽅⾯不认识他们是什么，另外如果要做下有分析的话，很多数据库也不接受这样的输⼊，所以就需要转换为gene symbol。前⼏天我们也实验过，如果使⽤很多ID ...
这个配置文件里面有esymbolid和基因id一一对应的关系,接下来我们需要一个脚本,就在上面图片里,然后将输入文件里面的esymbolid按照这个gtf配置文件里面的esymbolid和基因id一一对应的关系将esymbolid换成基因id,从而得到我们今天需要的这个矩阵,这个矩阵里面的基因名称和样本名称在发文章的时候,都是要用到的。这个矩阵里...
TCGA数据库下载的转录数据,包含mRNA和lncRNA,是在同一部分文件中,提取lncRNA矩阵选取antisense、lincRNA、sense_intronic等。 2、使用edgrR包,筛选条件|logFC|>2 & FDR<0.01,得到494个差异lncRNA,其中下调360个,上调134个,部分差异lncRNA如下表 火山图 ...