TCGA系列4-基因ID转换,lncRNA提取实战,GENCODE数据库简介,这次还是以python编程为主,同时介绍GENCODE注释文件数据库
转换TCGA基因ID到R语言代码 以下是一个示例代码,演示了如何将TCGA基因ID转换为Ensembl ID的R语言代码: # 安装和加载Bioconductor包if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomaRt")BiocManager::install("AnnotationDbi")library(biomaRt)library(AnnotationDb...
#BiocManager::install("org.Hs.eg.db") #1、TCGA基因ID的转换 library(stringr) exp$Ensembl_ID <- rownames(exp) exp$Ensembl_ID=str_sub(exp$Ensembl_ID,1,15) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 查看org.Hs.eg.db 包提供的转换类型 keytypes(org.Hs.eg.db) # 需要转换的Ensembl...
相比于第一种简单粗暴的用硬阈值截取+往篮子里塞鸡蛋的方法,GSEA同时考虑了基因在整个表达谱中所处的FoldChange rank以及同一基因集中的基因在表达谱rank中的距离。通俗来讲,GSEA基于如下假设:一个基因集中的基因如果在表达谱中所处的rank越极端(高/低FoldChange),而且基因之间的距离越短(rank相近),则这个基因集越...
这个配置文件里面有esymbolid和基因id一一对应的关系,接下来我们需要一个脚本,就在上面图片里,然后将输入文件里面的esymbolid按照这个gtf配置文件里面的esymbolid和基因id一一对应的关系将esymbolid换成基因id,从而得到我们今天需要的这个矩阵,这个矩阵里面的基因名称和样本名称在发文章的时候,都是要用到的。这个矩阵里...
TCGA 中的 ensembl ID 和基因symbol ID 对应表下载地址:https://gdc.cancer.gov/about-data/gdc-data...
TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析:从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA(含基因ID转换)新用户3677sdB0 2021-07-16 TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路。面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的。所以我们需要借助基因...
TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析:从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA(含基因ID转换)新用户3677sdB0 2021-07-16 TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路。面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的。所以我们需要借助基因...
TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路。面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的。所以我们需要借助基因功能富集分析工具,获取有意义的功能基因集。 基因功能富集分析的基本思路是一致的:开发者将具有相似功能的基因划分到同一个...
TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路。面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的。所以我们需要借助基因功能富集分析工具,获取有意义的功能基因集。 基因功能富集分析的基本思路是一致的:开发者将具有相似功能的基因划分到同一个...