决策树分组基于特定的体细胞改变(例如,突变或融合)或其他肿瘤特征(例如,微卫星不稳定性或病毒感染)。 对于四个队列(头颈部鳞状细胞癌 HNSC、食管鳞状细胞癌 ESCC、子宫内膜癌 UCEC 和胃食管腺癌 GEA),亚型是基于聚类分析和决策树分析的组合确定的。 Para_09 总体而言,我们使用了来自26种癌症队列的8,791个TCGA样本...
HNSC Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 头颈部鳞状细胞癌 LUAD Lung Adenocarcinoma 肺腺癌 LGG Low Grade Glioma 低级别胶质瘤 THCA Thyroid Cancer 甲状腺癌 LUSC Lung Squamous Cell Carcinoma 肺鳞状细胞癌 PRAD Prostate Adenocarcinoma 前列腺腺癌 SKCM Cutaneous Melanoma 皮肤黑色素瘤 COAD Colorectal Adenoca...
再用该工具包下载突变数据的时候,可以支持hg38和hg19,两种形式的突变数据下载 3. 首先基于hg38下载数据,这里以头颈癌为例子,首先要定义头颈癌在TCGA里面的ID信息,为TCGA-HNSC,首先建立搜索索引,这里建立的便是MAF文件的索引: 在pipeline便可以选择四种流程进行下载,比如上面选择muse,除此之外,还可以选择varscan2,som...
分析TCGA数据库中的HNSC数据,获得免疫系统膨胀、基因表达和相关临床信息的数据。分析IL17A的表达与HNSCC患者的预后、临床分期、生存状态和免疫细胞肿瘤膨胀水平之间的关系。并进行差异分析,相关性分析,GSEA富集分析等。 使用工具: 1,仙桃生信工具(https://www.xiantaozi.com/) 2,TIMER2.0(https://cistrome.shinyapps....
HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 ...
HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 ...
可以看到HNSC被拆分到了C1和C4两个独立的亚群,这个也是作者最重要的结论!其实没有太大的意思,头颈癌里面本来就是不同癌症的混合体,包括口腔癌,鼻咽癌,喉癌等等。 亚群之间差异分析 这个时候的差异分析,不再是各个肿瘤内部的N-T配对差异分析啦,是针对10个亚群,每个都是继续看其相当于其它9个亚群的 差异上下调基因...
DLBCLymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma弥漫性大B细胞淋巴瘤 ESCAEsophageal carcinoma食管癌 FPPPFFPE Pilot Phase IIFFPE试点二期 GBMGlioblastoma multiforme多形成性胶质细胞瘤 GBMLGGGlioma胶质瘤 HNSCHead and Neck squamous cell carcinoma头颈鳞状细胞癌 ...
HNSC 头颈部鳞状细胞癌 Kidney Chromophobe KICH 肾色素瘤 Kidney renal clear cell carcinoma KIRC 肾透明细胞癌 Kidney renal papillary cell carcinoma KIRP 肾乳头状细胞癌 Liver hepatocellular carcinoma LIHC 肝细胞癌 Lung adenocarcinoma LUAD 肺腺癌 Lung squamous cell carcinoma LUSC 肺鳞状细胞癌 Mesothelioma ...
33种肿肿中都的13种适用全部4个终点站:膀胱尿路上皮肿肿(BLCA)、宫颈柱状细胞内肿肿(CESC)、结肠肿肿(COAD)、食管肿肿(ESCA)、头颈部柱状细胞内肿肿(HNSC)、大肠状细胞内肿肿(KIRP)、大肠腺肿肿(LUAD)、LUSC、OV、胰腺肿肿(PAAD)、肉肿(SARC)、大肠腺肿肿(STAD)和乳房内膜肿肿(UCEC)。相反,很难一...