如下所示,这个数据挖掘研究纳入了TCGA数据库里面的样本量还算比较多的癌症种类,而且挑选那些提供了配对样品的 : bladder urothelial carcinoma (BLCA, n = 19), breast cancer (BRCA, n = 111), colon adenocarcinoma (COAD, n = 41), head and neck squamous cell
再用该工具包下载突变数据的时候,可以支持hg38和hg19,两种形式的突变数据下载 3. 首先基于hg38下载数据,这里以头颈癌为例子,首先要定义头颈癌在TCGA里面的ID信息,为TCGA-HNSC,首先建立搜索索引,这里建立的便是MAF文件的索引: 在pipeline便可以选择四种流程进行下载,比如上面选择muse,除此之外,还可以选择varscan2,som...
分析TCGA数据库中的HNSC数据,获得免疫系统膨胀、基因表达和相关临床信息的数据。分析IL17A的表达与HNSCC患者的预后、临床分期、生存状态和免疫细胞肿瘤膨胀水平之间的关系。并进行差异分析,相关性分析,GSEA富集分析等。 使用工具: 1,仙桃生信工具(https://www.xiantaozi.com/) 2,TIMER2.0(https://cistrome.shinyapps....
HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓细胞样白...
TCGAbiolinks 是一个利用 GDC API 接口来查询、下载和分析 TCGA 数据库的数据的 R 包 TCGAbiolinks 包的功能主要可以分为三大块: 数据查询和下载 数据的常规分析 可视化 该包可以从 Bioconductor 上安装稳定版本 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::in...
那么接下来就是projects了(Primary Site),你可以选择疾病类型,比如肾、肠、乳腺之类的。比如这里,我在projects里输入的是head and neck,然后program我选择的是TCGA数据库,那么根据我的过滤条件,得到这样的结果: 然后点击TCGA-HNSC,就可以看到summary信息: 再往下拉,你会看到对应每一种的primary site有多少例case:...
我们先加载数据,数据分别来自TCGAbiolinks(直接下载自TCGA-GDC)和UCSCXena,单看临床数据。 library(TCGAbiolinks) library(dplyr) library(DT) library(stringr) library(SummarizedExperiment) rm(list = ls()) load('E:/TCGA/TCGAbiolinks/rdata/step1-HNSC-clinical-rnaseq.rdata') ...
workflow.type:不同的数据类型,有其对应的参数可以选择; HTSeq - FPKM-UQ:FPKM上四分位数标准化值 HTSeq - FPKM:FPKM值/表达量值 HTSeq - Counts:原始count数 1. 2. 3. 但现在已经更新了,只有STAR - Counts这个参数 cancer_type="TCGA-HNSC" ...
TCGA head & neck squamous cell carcinoma (HNSC) DNA methylation data. DNA methylation profile was measured experimentally using the Illumina Infinium HumanMethylation450 platform. Beta values were derived at the Johns Hopkins University and University of Southern California TCGA genome characterization cente...
miRNA数据中只有正常样本 HNSC head and neck squamous cell carcinoma 头颈部鳞状细胞癌 KIRP kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 THCA thymoma carcinoma 胸腺瘤癌 DLBC lymphoid neoplasm diffuse large B-cell lymphoma 淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤...